当遇到孩子父亲不愿意做亲子鉴定的情况时，这确实是一个复杂且敏感的问题，需要我们从多个角度来综合考虑和解决。以下是我为您提供的详细分析和建议：
一、民事纠纷处理
沟通理解：
- 自行协商：首先，尝试与孩子父亲进行坦诚、友好的沟通，解释亲子鉴定的必要性和重要性，比如为了确认亲子关系、保障孩子的合法权益等。
- 第三方调解：如果自行协商无果，可以寻求亲友、单位、居委会或专业调解机构的帮助进行调解。这些第三方机构通常具有中立性和专业性，能够更有效地促进双方的理解和沟通。
法律推定：
- 根据相关法律规定，如果一方能够提供必要证据证明亲子关系存在或不存在，而另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，法院可以依法推定主张成立。这意味着，在符合法律条件的情况下，即使对方拒绝鉴定，法院也可能根据已有证据作出判决。
司法强制：
- 如果沟通和协商均无效，且亲子鉴定对案件审理至关重要，您可以向法院提起诉讼并申请强制鉴定。法院会综合考虑案件具体情况，包括证据的充分性、鉴定的必要性和紧迫性、对当事人权益的影响等，然后谨慎权衡后作出决定。但需要注意的是，司法强制鉴定并非轻易实施，需要满足一定的法律条件和程序要求。
二、刑事纠纷处理
配合司法机关调查：
- 在刑事案件中，如果亲子鉴定是查明案件事实的关键证据，司法机关有权依法进行调查和取证。如果孩子父亲拒绝配合，司法机关可以采取强制措施如拘传等，强制其接受鉴定。但这种情况通常适用于涉及犯罪的案件，且需要严格的法律程序和证据支持。
依据其他证据定罪量刑：
- 如果无法获得亲子鉴定样本，司法机关会依据其他证据来判断案件事实。例如，在强奸案件中，会综合考虑被害人陈述、证人证言、现场勘查笔录、物证等多方面证据。如果这些证据能够相互印证，形成完整的证据链条，即使没有亲子鉴定结果，也可以对犯罪嫌疑人定罪量刑。
三、综合建议
寻求法律援助：
- 面对复杂情况，建议您咨询专业律师或法律顾问。他们能够根据您的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案，帮助您更好地维护自己的合法权益。
考虑其他证据：
- 在没有直接亲子鉴定结果的情况下，您可以考虑使用其他间接证据来推断亲子关系。例如，出生证明、家庭照片、共同生活的证据等都可以作为辅助证据来支持您的主张。
心理支持：
- 此类问题可能给您带来较大的心理压力和情绪困扰。建议您寻求专业心理支持或咨询，以帮助您应对情绪问题，保持冷静和理智。
尊重对方选择：
- 尽管您可能希望进行亲子鉴定以解决问题，但也需要尊重对方的意愿和选择。如果对方坚决拒绝且没有其他合法手段强制要求，您可能需要寻找其他方式来解决争议，如通过协商、调解或诉讼等途径来维护自己的权益。
总之，处理孩子父亲拒绝做亲子鉴定的问题时，需要综合考虑多种因素并根据具体情况采取相应措施。通过沟通理解、法律援助、证据考量及心理支持等多方面的努力，力求找到最合适的解决方案。希望这些建议能够对您有所帮助。