如果女方不愿意做亲子鉴定，需分情况处理，具体如下：
在诉讼程序中：
- 男方主张亲子关系：若男方起诉要求确认与子女的亲子关系，而女方拒绝配合做亲子鉴定，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条，法院可以推定男方的主张成立。这是因为女方拒绝鉴定，可能被视为对男方主张的默认，法院会结合其他证据综合判断。
- 男方否认亲子关系：若男方起诉要求否认与子女的亲子关系，而女方拒绝配合，法院通常不会直接推定男方主张成立。此时，男方需提供其他证据（如血型、遗传特征等）证明亲子关系不存在，否则可能承担举证不能的后果。
在非诉讼程序中（如协商或调解）：
- 尊重女方意愿：亲子鉴定涉及个人隐私和身体权，女方有权拒绝。若双方未进入诉讼程序，男方不能强迫女方配合，否则可能侵犯女方合法权益。
- 通过其他方式取证：男方可以尝试收集其他证据（如出生记录、证人证言等）间接证明亲子关系，但这些证据的证明力通常较弱，需结合具体情况判断。
特殊情况处理：
- 子女已成年：若子女已满18周岁，亲子鉴定需征得其本人同意。即使女方拒绝，子女若同意配合，仍可进行鉴定。
- 涉及抚养费或继承纠纷：若亲子关系直接影响抚养费支付或继承权行使，法院可能更倾向于支持鉴定请求，但仍需以女方自愿为前提，除非男方能提供充分证据。
建议：若遇到此类问题，建议男方先与女方协商，尽量通过沟通解决。若协商无果，可咨询专业律师，结合具体案情制定策略，包括是否启动诉讼程序及如何收集其他证据。