在涉及亲子关系确认的案件中，如果一方不愿意做亲子鉴定，法院的判决会是一个综合考量多种因素的过程。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
首先，我们需要明确的是，《中华人民共和国民法典》第一千零七十三条是处理此类问题的核心法律依据。该条款规定，对亲子关系有异议且有正当理由的，父或母（或成年子女）可以向人民法院提起诉讼，请求确认或者否认亲子关系。这为法院处理亲子关系确认案件提供了明确的法律指引。
二、法院判决原则
在处理不愿意做亲子鉴定的案件时，法院会遵循以下原则进行判决：
尊重当事人意愿与保护未成年人权益相结合：
- 法院会充分尊重当事人的意愿，不会强制要求进行亲子鉴定。
- 但同时，法院也会优先考虑未成年人的合法权益，确保他们的利益不受损害。
综合考量证据与事实：
- 法院会全面审查双方提供的证据，包括出生证明、医疗记录、证人证言等，以形成对案件事实的全面认识。
- 如果其他证据能够形成完整的证据链，足以证明亲子关系的存在与否，法院可能会依据这些证据作出判决。
推定原则的应用：
- 在一方拒绝做亲子鉴定，且没有其他直接证据证明亲子关系的情况下，法院可能会根据案件的具体情况，运用推定原则来判断亲子关系的存在。
- 例如，如果男方自认为孩子的生父并提供了相关证据，而女方无正当理由拒绝做亲子鉴定，法院可能会推定男方与孩子之间存在亲子关系。
三、具体判决情况
根据案件的具体情况和证据状况，法院可能会作出以下判决：
支持鉴定请求：
- 如果法院认为进行亲子鉴定对于查明案件事实具有必要性，且不存在违反法律、侵犯他人合法权益等情形，法院可能会判决支持鉴定请求。
驳回鉴定请求：
- 如果法院认为进行亲子鉴定没有必要（如其他证据已经足够证明亲子关系）、违反法律或侵犯他人合法权益（如未经未成年人同意），或者当事人无正当理由拒绝配合，法院可能会判决驳回鉴定请求。
推定亲子关系：
- 在一方拒绝做亲子鉴定的情况下，如果法院根据其他证据和案件具体情况认为亲子关系存在的可能性较大，可能会推定亲子关系的存在，并据此作出相应判决。
四、注意事项
- 举证责任分配：主张存在亲子关系的一方需承担初步举证责任，如提供出生证明、生活记录等。若一方拒绝配合鉴定且无合理理由，法院可依据现有证据推定主张成立。
- 强制鉴定的例外：法律未赋予法院直接强制进行亲子鉴定的权力，但可通过“证据妨碍规则”间接实现效果，即一方拒不配合导致关键证据缺失时，需承担不利后果。
- 隐私权保护：未经法定程序不得强制采集生物样本，需通过诉讼途径解决争议，确保当事人的隐私权得到保护。
综上所述，不愿意做亲子鉴定时，法院的判决会基于现有证据、法律规定以及公平原则进行综合考虑。因此，在处理此类案件时，建议当事人积极配合法院的调查和审理工作，提供充分的证据来支持自己的主张。