核心结论：起诉离婚没判离且结婚证被扣在法院的情况下，不能直接协议离婚，需要先取回结婚证或由法院出具相关证明文件，再按协议离婚的正常流程办理。以下是具体分析：

协议离婚的前提条件

协议离婚要求夫妻双方自愿离婚，并且对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致，同时需要携带结婚证、身份证、户口本等材料到婚姻登记机关申请离婚登记。结婚证是证明夫妻关系的重要法律文件，没有结婚证，婚姻登记机关通常不会受理协议离婚申请。

结婚证被扣在法院的情况处理

• 取回结婚证：你可以与法院沟通，了解结婚证被扣的具体原因和期限。如果法院允许，你可以在法院的监督下复印结婚证或者由法院出具相关证明文件，以证明你们的夫妻关系。在取回结婚证或者获得相关证明文件后，就可以按照协议离婚的正常流程办理离婚手续。
• 法院出具证明文件：若无法取回结婚证原件，可请求法院出具一份证明你们夫妻关系的文件，该文件应明确记载你们的结婚时间、结婚登记机关等信息，其效力等同于结婚证，可用于协议离婚。

协议离婚的具体流程

• 申请：双方共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关提出离婚申请，并提交结婚证（或法院出具的证明文件）、身份证、户口本以及双方共同签署的离婚协议书。
• 审查：婚姻登记机关会对你们的申请和提交的材料进行审查，询问你们的离婚意愿以及对离婚协议内容的理解程度等。
• 登记：经过审查，如果婚姻登记机关认为你们符合离婚条件，会为你们办理离婚登记，收回结婚证（或相关证明文件），并发给离婚证，此时你们的婚姻关系即告解除。

特殊情况说明

如果经过沟通，法院不同意取回结婚证或出具相关证明文件，且你们又坚持协议离婚，那么可能需要再次提起离婚诉讼。在诉讼过程中，法院会依法对你们的婚姻关系、子女抚养、财产分割等问题进行审理和判决。判决离婚后，就不需要结婚证来办理离婚手续了。

在处理这类问题时，如果遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。