结论：员工辞职后，公司追究责任的时间限制主要取决于具体的法律情形和双方的协议约定。一般来说，劳动争议仲裁的时效为一年，民事诉讼的时效为三年，而刑事追诉时效则根据犯罪情节的严重程度有所不同。同时，如果双方有特别的协议约定，如竞业限制协议等，也可能影响追究责任的时间限制。
一、劳动争议仲裁时效
一般规定：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 适用场景：这主要适用于工资、加班工资、经济补偿金等劳动争议。例如，如果员工离职后，公司发现员工在职期间存在未支付加班工资的情况，公司应在一年内提起仲裁申请。
特殊情况：
- 劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年时效的限制；但劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
二、民事诉讼时效
一般规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 适用场景：这主要适用于因员工过错或违法行为导致公司经济损失的情况。例如，员工在职期间因疏忽造成公司损失，公司在发现后三年内可以提起诉讼。
特殊协议：
- 如果双方签订了竞业限制协议、保密协议等，且协议中约定了追究责任的时效，那么应按照协议约定执行。但协议约定不得违反法律法规的强制性规定。
三、刑事追诉时效
- 根据《中华人民共和国刑法》第八十七条，对于涉嫌犯罪的员工（如职务侵占、挪用公款等），追诉时效根据法定最高刑确定，从五年到二十年不等。例如，职务侵占罪数额较大的，处五年以下有期徒刑，因此离职后五年内司法机关可追诉。
四、实际操作建议
及时主张权利：
- 公司一旦发现员工存在应被追究责任的行为，应及时通过仲裁或其他法律途径维权，以免超过时效。
保留证据：
- 确保有足够证据证明员工行为对公司造成了损失或侵害了权益，这是成功追责的关键。证据可以包括合同、邮件、聊天记录、监控录像等。
审查协议：
- 如果双方有特别的协议约定，如竞业限制协议等，公司应仔细审查协议内容，确保追究责任的时间限制符合协议约定和法律法规的规定。
举例说明：假设一名员工在职期间因疏忽导致公司损失10万元，员工离职后一年公司才发现此情况。此时，公司可以在接下来的两年内（即民事诉讼时效期间内）提起诉讼，要求员工赔偿损失。但如果双方签订了竞业限制协议，且协议中约定了离职后两年内员工不得从事与公司竞争的业务，否则需承担违约责任，那么公司可以在两年内依据协议追究员工的违约责任。
总之，员工辞职后公司追究责任的时间限制是一个复杂的问题，涉及多个法律领域和具体的合同条款。公司在处理此类纠纷时，应仔细审查相关法律法规及合同约定，并在必要时向我咨询，以确保自身权益得到有效保护。