总包单位代付农民工工资并出具说明是完全可以的，且这一做法在法律上有明确依据，也是保障农民工权益的有效措施。以下从法律背景、出具说明的必要性及内容建议、可能涉及的法律责任等角度进行详细分析：

一、法律背景

根据《保障农民工工资支付条例》第三十一条的规定，工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。这意味着，总包单位代发农民工工资是法律明确鼓励和要求的做法，旨在确保农民工工资能够及时、足额支付，减少欠薪现象的发生。

二、出具说明的必要性及内容建议

1. 必要性：

   • 明确责任：总包单位代发工资时出具说明，可以明确总包单位、分包单位以及农民工之间的权利义务关系，避免后续因工资支付问题产生纠纷。
   • 保障权益：说明可以作为农民工领取工资的凭证，保障其合法权益不受侵害。
   • 合规性：出具说明也是总包单位履行法律义务、确保合规性的重要体现。

2. 内容建议：

   • 基本信息：包括总包单位、分包单位名称，工程项目名称，农民工姓名及身份证号等基本信息。
   • 工资支付情况：详细说明工资支付的时间、金额、支付方式（如银行转账）等。
   • 代发依据：引用《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，说明代发工资的合法性和必要性。
   • 双方确认：由总包单位、分包单位及农民工本人签字确认，确保说明的真实性和有效性。

三、可能涉及的法律责任

1. 总包单位责任：

   • 总包单位需确保农民工工资专用账户资金充足，及时、足额代发工资。
   • 若分包单位拖欠农民工工资，总包单位需先行清偿，并有权依法进行追偿。
   • 总包单位未履行代发工资义务或违反相关规定的，可能面临行政处罚或法律责任。

2. 分包单位责任：

   • 分包单位需准确核算农民工的工作量和工资，确保提供的工资支付表真实、完整。
   • 分包单位对所招用农民工的实名制管理和工资支付负直接责任。
   • 若因分包单位提供虚假信息导致工资发放问题，分包单位需承担相应法律责任。

四、实际操作建议

1. 设立专用账户：总包单位应在工程项目所在地银行开设“农民工工资专用账户”，确保资金专款专用。
2. 编制与提交工资支付表：分包单位需按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后提交给总包单位。
3. 审核与代发工资：总包单位对工资支付表进行审核后，通过专用账户直接支付到农民工本人银行账户，并出具代发工资说明。
4. 保留相关凭证：总包单位和分包单位应妥善保留工资支付表、代发工资说明等相关凭证，以备后续查验。

综上所述，总包单位代付农民工工资并出具说明是符合法律规定的，也是保障农民工权益的有效措施。在实际操作中，总包单位和分包单位应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保农民工工资能够及时、足额支付。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。