在违法分包的处罚中，通常是以违法分包部分的合同金额作为处罚的依据，而非整体合同金额。以下从不同角度进行详细分析：

法律依据与处罚原则

根据《中华人民共和国建筑法》及相关法规，违法分包是指施工单位将工程分包给不具备相应资质条件的单位，或者分包单位将其承包的工程再分包等违法行为。对于违法分包的处罚，法律通常规定以违法分包部分的合同金额作为计算罚款的基数。这是因为违法分包行为主要涉及的是分包部分的工程，与整体工程的其他合法部分无直接关联。因此，以违法分包部分的合同金额作为处罚依据，更符合法律的精神和原则。

处罚的具体实施

1. 罚款计算：在具体实施处罚时，监管部门会根据违法分包部分的合同金额，按照一定的比例或固定金额进行罚款。例如，某些地方性法规可能规定，违法分包的，处违法分包部分合同金额一定比例的罚款。这种计算方式直接、明确，易于操作。

2. 其他处罚措施：除了罚款外，违法分包还可能面临其他处罚措施，如责令改正、没收违法所得、停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等。这些处罚措施的实施，同样是以违法分包行为为对象，而非整体工程。

实际案例与司法实践

在实际案例中，法院和监管部门在处理违法分包纠纷时，也通常是以违法分包部分的合同金额作为处罚和赔偿的依据。例如，在某起违法分包纠纷中，法院认定分包单位违法分包了部分工程，并依据该部分工程的合同金额，判决分包单位承担相应的违约责任和赔偿责任。

特殊情况与考虑因素

虽然通常情况下是以违法分包部分的合同金额作为处罚依据，但在某些特殊情况下，也可能需要考虑整体合同金额或其他因素。例如，如果违法分包行为对整体工程的质量、安全等造成了严重影响，或者违法分包部分与整体工程之间存在密切的关联关系，那么监管部门在处罚时可能会综合考虑整体合同金额等因素。然而，这种情况并不常见，且需要具体的证据和事实支持。

总结与建议：

在违法分包的处罚中，通常是以违法分包部分的合同金额作为处罚的依据。这一原则既符合法律的精神和原则，也便于实际操作和执行。如果您面临违法分包纠纷或需要相关法律咨询，请直接向我提问，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。