代持股权退出纠纷一般需通过诉讼解决，无法直接向特定部门“立案”，但可根据纠纷性质选择管辖法院或仲裁机构。以下为具体分析：

1. 若代持协议约定仲裁条款，应向约定的仲裁机构申请仲裁
   根据《仲裁法》第16条，若代持协议中明确约定“因本协议产生的争议提交XX仲裁委员会仲裁”，则双方需按约定申请仲裁，法院无管辖权。此时需向协议约定的仲裁机构（如中国国际经济贸易仲裁委员会、各地仲裁委）提交仲裁申请，而非向法院立案。

2. 若未约定仲裁或仲裁条款无效，需向法院提起民事诉讼
   根据《民事诉讼法》第23条，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或合同履行地法院管辖。代持股权纠纷中：

   • 被告住所地：通常为名义股东（即代持人）的户籍地或经常居住地；
     
   • 合同履行地：若协议未明确约定，可结合实际履行行为（如股权变更登记地、分红支付地等）确定，实践中常以公司注册地或主要办事机构所在地作为合同履行地。
     操作步骤：
     
   • 准备起诉状、代持协议、股权凭证、沟通记录等证据；
     
   • 向有管辖权的法院提交材料并缴纳诉讼费；
     
   • 法院受理后进入审理程序，最终以判决或调解书解决纠纷。

3. 若涉及公司其他股东权益，可能需通过股东会决议或公司解散之诉解决
   若代持股权退出受阻系因公司其他股东反对或公司章程限制，可尝试：

   • 依据《公司法》第71条，要求名义股东配合办理股权转让手续，并由其他股东行使优先购买权；
     
   • 若公司陷入僵局，可依据《公司法》第182条向法院申请解散公司（需满足“公司经营管理发生严重困难”等条件）。

风险提示：代持股权本身存在法律风险（如名义股东擅自处分股权、实际出资人难以显名等），建议优先通过协商解决，必要时委托律师起草《股权代持解除协议》明确权利义务，降低诉讼成本。若已进入诉讼阶段，需注意诉讼时效（一般为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算）。