针对您提出的“建设工程合同无效，双方已结算，工程款的诉讼时效怎么起算”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、基本诉讼时效规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于建设工程合同无效但双方已结算工程款的情形。
二、诉讼时效的起算点
在建设工程合同无效但双方已结算的情况下，诉讼时效的起算点主要取决于结算完成的时间以及双方对工程款支付时间的约定（如果有的话）。
如果合同中有明确约定工程款支付时间：
- 诉讼时效从约定的支付期限届满之日起计算。例如，如果双方约定工程款应在结算完成后30日内支付，那么诉讼时效就从这30日期限届满之日起开始计算。
如果合同中没有约定工程款支付时间或约定不明：
- 通常情况下，诉讼时效从结算完成之日起计算。因为结算完成意味着双方对工程款的金额已经达成一致，此时承包人应当知道自己的权利受到了损害（即发包人未支付工程款），因此诉讼时效开始计算。
- 如果工程已实际交付但尚未结算，且合同未约定付款时间或约定不明，那么根据司法实践，诉讼时效可能会从工程实际交付之日起算，但具体还需根据案件情况和法院判断。不过，在您的情况下，由于双方已经结算，所以这一点不适用。
三、特殊情况下的诉讼时效中断与重新计算
诉讼时效中断：
- 在诉讼时效期间内，如果承包人向发包人提出履行请求（如催款函、电子邮件等）、发包人同意履行义务、承包人提起诉讼或申请仲裁等情形，都会导致诉讼时效中断。从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间将重新计算。
持续主张权利：
- 如果承包人在一定期间内持续向发包人主张权利（如每年通过书面函件、电子邮件等方式催告），且发包人未明确提出异议的，法院可能会认定诉讼时效因承包人的持续主张而多次中断并重新起算。
四、注意事项与建议
及时主张权利：
- 承包人应密切关注工程款的支付情况，一旦发现存在未结算或拖欠的情况（尽管在您的情况下双方已经结算，但仍需关注支付情况），应及时向发包人提出履行请求，以避免超过诉讼时效期间而丧失法律保护。
保留证据：
- 在主张权利的过程中，承包人应注意保留相关证据，如催款函件、电子邮件、通话记录、结算协议等，以证明自己在诉讼时效期间内向发包人提出了履行请求以及双方已经结算的事实。
寻求专业帮助：
- 如果对诉讼时效的计算或相关法律问题存在疑问，建议咨询专业的律师或法律机构，以确保自身权益得到有效保障。
综上所述，建设工程合同无效但双方已结算的情况下，工程款的诉讼时效通常从结算完成之日起计算（如果合同中有明确约定支付时间的，则从约定的支付期限届满之日起计算）。同时，承包人应注意及时主张权利、保留证据，并在必要时寻求专业帮助。