结论：公司在注销过程中支付工资是否合法，需分情况讨论。一般来说，若公司处于合法清算阶段且资金来源合法，支付工资是合法的；但若公司已注销完毕或存在恶意注销等情形，则支付工资可能不合法或存在法律风险。以下是对此问题的详细分析：
一、公司注销过程中的法律状态
清算阶段：
- 公司注销前需依法进行清算，清算期间公司仍具有法律主体资格，但主要进行债务清偿等清算活动。
- 在清算阶段，若公司有足够资金，且支付工资属于清算范围内的合法债务清偿行为，则支付工资是合法的。
注销完毕：
- 公司注销完毕后，其法人资格终止，不再具有民事行为能力和诉讼权利能力。
- 注销后的公司不应再进行任何经营活动，包括发放工资。若此时继续支付工资，可能因缺乏法律主体资格而构成违法行为。
二、支付工资的合法性分析
合法清算且资金充足：
- 若公司在注销前依法进行清算，且清算财产足以清偿包括工资在内的所有债务，则支付工资是合法的。
- 这种情况下，支付工资属于对注销前债务的清偿，符合法律法规的规定。
清算程序存在瑕疵或恶意注销：
- 若公司在注销过程中存在未依法清算、隐匿财产、虚假记载等违法行为，或恶意注销以逃避债务，则支付工资可能不合法。
- 这种情况下，员工有权通过法律途径追究相关责任人的法律责任，要求获得应得的工资报酬。
资金来源的合法性：
- 无论公司处于清算阶段还是已注销完毕，支付工资的资金必须来源于合法途径，如清算收益、股东出资等。
- 若资金来源不明或存在违法违规行为，如挪用公司资产、侵占股东权益等，则支付工资的行为将构成违法行为。
三、法律建议与风险提示
对于公司：
- 在注销过程中，应依法进行清算，确保所有债务得到妥善清偿。
- 若需支付工资，应确保资金来源合法，并遵循相关法律法规和程序要求。
- 避免恶意注销或逃避债务，以免引发法律风险。
对于员工：
- 若公司处于清算阶段且支付工资合法，员工可正常接收工资。
- 若公司存在恶意注销或逃避债务等行为，员工应及时向劳动部门投诉或提起诉讼，以维护自身合法权益。
- 在追讨工资的过程中，员工应收集并保留好所有与劳动关系和工资拖欠相关的证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等。
风险提示：
- 公司注销后，若员工未能及时追讨工资，可能面临超过诉讼时效而丧失胜诉权的风险。因此，员工应及时采取措施，避免权益受损。
- 若公司注销后继续支付工资的行为存在违法违规情形，如资金来源不明、挪用公司资产等，相关责任人可能面临法律制裁。
总结：公司在注销过程中支付工资是否合法，需根据公司的清算情况、资金来源以及是否存在恶意注销等情形进行综合判断。若您对此问题存在疑问或权益受损，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。