公司欠员工工资的情况下，是不能合法注销的。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律依据与清算程序
清算义务：根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司在申请注销前，必须成立清算组对公司的债权债务进行全面清算。这一过程中，清算组需核实、登记所有债务，包括欠薪这一职工债权，并按照法定顺序进行清偿。在未完全清偿欠薪等债务之前，清算工作无法完成，因此也无法进入下一步的注销流程。
优先清偿顺序：在清算过程中，职工工资享有优先清偿的地位。这意味着，在清偿其他债务之前，必须首先确保职工工资得到全额支付。这是法律对劳动者权益的特别保护，旨在防止公司通过注销逃避支付工资的责任。
二、注销流程中的限制与风险
公示程序与债权人权益：工商注销过程中包含公示程序，允许相关债权人在公示期内申报债权。若公司存在欠薪情况，劳动者作为债权人可申报债权。工商部门在知悉后，将不会批准其注销申请，直至欠薪问题得到解决。
税务注销与社保欠费关联：税务部门在税务注销时会核查企业的社保缴纳情况。若公司存在欠缴社保（通常与欠薪问题相关联）的情况，税务部门将不会出具清税证明。而此证明是工商注销的必要前置文件，因此公司无法完成注销。
法律后果与责任延续：即使公司试图通过违规手段完成注销，原股东、实际控制人等仍须对欠薪费用承担法律责任。劳动者可通过法律途径要求支付欠薪，并可能对责任人进行行政处罚。此类行为还会严重损害公司及相关责任人的信用记录，影响其未来在商业活动、金融信贷等多方面的权益。
三、员工权益保护与应对策略
积极维权：面对公司拖欠工资且试图通过注销来逃避法律责任的情况，员工应积极维护自身权益。可以通过与公司协商解决、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来追讨工资。
申报债权：若公司进入注销程序但尚未解决工资问题，员工应及时向清算组申报债权。确保自己的合法权益在清算过程中得到保障。清算组在编制清算报告时，会明确列出所有债权人的债权情况，包括欠薪金额和支付情况。
法律追究：如果公司通过不正当手段完成了注销登记，劳动者仍有权维权。可以依法追究公司股东、发起人或出资人等相关责任主体的连带责任。这些责任主体在公司注销后，仍需对公司债务承担清偿责任。
总结与建议：
公司欠员工工资的情况下是不能合法注销的。员工应积极维护自身权益，通过法律途径追讨工资，并在公司注销过程中及时申报债权。如果公司试图通过注销逃避债务，员工可以依法追究相关责任主体的法律责任。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。