结论：针对您提出的“职务侵占12万元已经退还11万怎么办”的问题，这涉及到刑事案件的处理流程以及可能的法律后果。以下是我从多个角度为您进行的分析和建议。
一、法律背景与职务侵占罪的认定
职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。根据《刑法》的相关规定，职务侵占罪的数额较大标准通常为六万元以上。在您的情况下，职务侵占的金额为12万元，已经明显超过了这一标准，因此构成职务侵占罪。
二、退赃对案件处理的影响
退赃的积极意义：
- 退赃是犯罪嫌疑人或被告人表明悔罪态度、减轻社会危害性的重要方式。
- 在司法实践中，退赃往往会被视为从轻或减轻处罚的情节。
退赃后的处理：
- 即使已经退还了大部分赃款（如11万元），但职务侵占的行为已经完成，且数额较大，因此仍然可能面临刑事追究。
- 退赃的金额和比例会作为量刑时的考虑因素，但并非决定性因素。法院在判决时会综合考虑犯罪的性质、情节、社会危害程度以及被告人的悔罪表现等因素。
三、可能的法律后果与应对策略
刑事追究：
- 由于职务侵占的金额较大，您可能面临刑事追究，包括被起诉、审判和可能的刑罚。
- 刑罚的种类和幅度将取决于法院的判决，可能包括有期徒刑、拘役或罚金等。
应对策略：
- 积极配合调查：如实向司法机关陈述事实，提供相关证据，表明自己的悔罪态度。
- 争取从轻或减轻处罚：通过退赃、认罪认罚、积极赔偿损失等方式，争取从轻或减轻处罚。
- 寻求法律援助：在案件处理过程中，及时咨询并委托专业律师提供法律援助，以维护自己的合法权益。
四、具体建议
尽快退还剩余赃款：
- 如果尚未退还剩余的1万元赃款，建议尽快退还，以进一步表明悔罪态度。
准备相关证据：
- 收集并整理与职务侵占行为相关的证据，如转账记录、聊天记录、证人证言等，以备司法机关调查时使用。
咨询专业律师：
- 在案件处理过程中，及时咨询并委托像我这样的专业律师提供法律援助。律师将根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和辩护策略。
最后，职务侵占罪是一项严重的犯罪行为，即使已经退还了大部分赃款，仍然可能面临刑事追究。因此，我建议您积极配合司法机关的调查工作，如实陈述事实，并尽快咨询并委托专业律师提供法律援助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。