关于羁押必要性审查申请书未通过时检察院的处理方式，结论前置如下：

1. 检察院通常会直接驳回申请，并可能出具书面说明
   根据《刑事诉讼法》第95条及《人民检察院刑事诉讼规则》第575条，检察院在收到羁押必要性审查申请后，会依法进行审查。若认为不符合变更强制措施的条件（如犯罪嫌疑人社会危险性较高、可能毁灭证据等），检察院会直接驳回申请，并可能向申请人或其辩护人出具书面说明，阐明驳回理由。这一流程是检察院的法定职责，旨在保障程序的透明性和当事人的知情权。

2. 驳回后，申请人可补充材料或重新申请，但需满足法定条件
   若申请人认为驳回理由不充分（如检察院未充分考虑新证据或犯罪嫌疑人健康状况变化），可补充相关材料后重新提出申请。但需注意：

   • 重新申请的间隔限制：法律未明确规定重新申请的间隔期限，但实践中通常需间隔合理时间（如1个月以上），以避免滥用申请权。
     
   • 条件变化是关键：重新申请需以“新事实或新证据”为前提，例如犯罪嫌疑人病情恶化、共同犯罪中同案犯到案等，否则检察院可能再次驳回。

3. 特殊情形下，检察院可能主动启动羁押必要性审查
   即使申请人未提出申请，若检察院发现犯罪嫌疑人可能符合变更强制措施的条件（如羁押期限届满、案件证据发生重大变化等），可依职权主动启动审查程序。此时，犯罪嫌疑人或辩护人无需再次提交申请书，但可主动向检察院提交书面意见，辅助审查。

法律背景与建议：

• 羁押必要性审查的核心标准：检察院主要审查犯罪嫌疑人是否具有社会危险性、是否可能妨碍诉讼，以及是否存在“人道主义情形”（如严重疾病、怀孕等）。若申请书未围绕这些要点展开论证，被驳回的风险较高。
  
• 申请书的撰写技巧：建议从“社会危险性降低”（如认罪认罚、退赃退赔）、“诉讼保障充分”（如家属愿意担保、随传随到）、“人道主义需求”（如需长期治疗）等角度切入，并附相关证据（如诊断证明、和解协议等）。
  
• 后续救济途径：若申请被驳回且无新证据，可考虑通过“羁押复议”或“羁押复查”程序救济，但需在收到驳回决定后7日内提出，且需符合法定复议条件。

总结：羁押必要性审查申请未通过时，检察院通常会直接驳回并可能出具说明，但申请人可补充材料后重新申请，或等待检察院依职权启动审查。关键在于申请书是否充分论证了变更强制措施的必要性，以及是否存在新事实支持重新申请。如有具体案情或材料需要分析，可直接向我咨询。