关于自然人挂靠公司施工时，自然人与其他自然人签订的合作协议是否有效的问题，其答案并非绝对，而是需根据具体情况综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、合同无效的常见情形
资质问题：
- 根据《中华人民共和国民法典》第七百九十一条及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，承包人必须取得建筑业企业资质，并在其资质等级许可的范围内从事建筑活动。自然人通常不具备这样的资质条件，因此，如果合作协议涉及建设工程施工，且自然人未挂靠具备相应资质的公司或未以具备资质的公司名义进行施工，那么该合作协议往往会因违反法律的强制性规定而被认定为无效。
违反法律强制性规定：
- 除了资质问题外，如果合作协议的内容违反了国家法律法规的明文禁止性规定，如涉及违法建筑、违反工程安全标准等，那么该协议也将被认定为无效。
二、合同可能有效的情形
不涉及建设工程施工：
- 如果合作协议的内容并不涉及建设工程施工，而是其他合法的合作事项，如共同投资、共享收益等，且双方具备完全民事行为能力、意思表示真实、不违反法律强制性规定和公序良俗，那么该协议在形式上可视为有效。
挂靠具备资质的公司：
- 如果自然人挂靠了具备相应资质的公司进行施工，并以该公司的名义与其他自然人签订合作协议，且该协议的内容合法、双方意思表示真实，那么该协议有可能被认定为有效。但需要注意的是，挂靠行为本身可能涉及违法违规，如未经过公司同意或未按照公司规定进行挂靠等，这可能会影响协议的有效性或导致其他法律后果。
特定条件下的有效性：
- 在某些特定条件下，如合作协议已经实际履行且双方均无异议、协议内容符合行业惯例或交易习惯等，即使存在某些形式上的瑕疵或不完全符合法律规定，该协议也可能被认定为有效。但这需要具体案件具体分析，不能一概而论。
三、法律建议与风险提示
核实资质与合法性：
- 在签订合作协议前，务必核实对方的资质和合法性，确保对方具备从事相关活动的法定条件。对于涉及建设工程施工的合作协议，更要严格审查对方的建筑业企业资质和施工能力。
明确协议内容与条款：
- 合作协议中应明确双方的权利义务、合作事项、收益分配、风险承担等关键条款，以减少未来可能产生的纠纷。同时，要注意协议内容的合法性和合规性，避免违反国家法律法规的强制性规定。
咨询专业法律意见：
- 由于工程合同的复杂性和专业性，以及涉及的法律风险较高，建议在签订合作协议前咨询专业的法律意见。作为专业律师，我可以为你提供全面的法律审查和指导，确保协议的合法性和有效性。
注意挂靠行为的合法性：
- 如果自然人选择挂靠公司进行施工，务必确保挂靠行为的合法性和合规性。要遵守公司的相关规定和程序，避免未经公司同意或未按照公司规定进行挂靠等行为。
综上所述，自然人挂靠公司施工时，自然人与其他自然人签订的合作协议的有效性需根据具体情况综合判断。在签订协议前，务必核实对方的资质和合法性、明确协议内容与条款、咨询专业法律意见，并注意挂靠行为的合法性。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。