在运输合同纠纷中，若保险公司不予赔偿座位险，损失的承担主体需根据具体情况分析，具体如下：

1. 若保险公司拒赔存在合法依据：

   • 合同免责条款生效：座位险合同中若明确约定了免责情形（如被保险人故意制造事故、驾驶人无有效驾驶证等），且保险公司能证明事故属于免责范围，则保险公司无需赔偿。此时，损失原则上由实际侵权人（如运输公司、驾驶员或其他责任方）承担。若运输公司对事故发生存在过错（如未尽安全保障义务），则需根据其过错程度承担相应赔偿责任。
   • 投保人未履行义务：若投保人未如实告知重要信息（如车辆用途、驾驶人资质等），或未按时缴纳保费，导致保险合同无效或被解除，保险公司拒赔合法，损失由投保人或运输公司自行承担。

2. 若保险公司拒赔缺乏合法依据：

   • 保险公司违约：若保险公司无正当理由拒赔（如未及时定损、未明确说明免责条款等），构成违约，需承担赔偿责任。此时，损失由保险公司承担，运输公司或乘客可要求其履行赔付义务。
   • 第三人侵权：若事故由第三人（如其他车辆驾驶人）造成，且保险公司拒赔合法，则损失由第三人承担。运输公司若已尽安全保障义务，可免责；若未尽义务，则需与第三人承担连带责任。

3. 特殊情形：

   • 乘客自身过错：若乘客对事故发生存在过错（如未系安全带导致伤亡扩大），可能减轻运输公司或保险公司的赔偿责任。
   • 不可抗力：若事故由不可抗力（如自然灾害）导致，且保险公司免责条款合法，损失可能由乘客自行承担，但运输公司需证明已尽合理安全保障义务。

建议行动：

• 运输公司或乘客应首先审查保险合同条款，确认拒赔是否符合合同约定及法律规定。
• 若认为保险公司拒赔不合理，可收集证据（如事故认定书、保险合同、沟通记录等），通过诉讼或仲裁要求保险公司赔付。
• 若损失由第三人造成，可同时向第三人主张赔偿。

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