乙方在收到甲方中途清退的通知且不同意时，可以按照以下步骤和内容回函，以维护自身合法权益：
一、回函的基本框架与要点
明确表达不同意清退的立场：
- 在回函的开头，应直接、明确地表达乙方不同意甲方中途清退的决定，并指出该决定缺乏合法依据或合同依据。
引用合同条款或法律依据：
- 详细引用双方签订的合同中关于合同期限、解除条件、违约责任等条款，说明甲方中途清退乙方违反了合同约定。
- 若合同中没有明确规定或规定不明确，可引用《中华人民共和国民法典》中关于合同解除、违约责任等相关规定，作为乙方不同意清退的法律依据。
阐述清退可能带来的损失：
- 列举因甲方中途清退可能导致乙方遭受的损失，如预期收益的丧失、已投入成本的无法回收、业务中断带来的额外费用等。
- 强调这些损失是甲方违约行为直接导致的，乙方有权要求甲方承担相应的赔偿责任。
提出解决方案或要求：
- 根据实际情况，乙方可以提出继续履行合同、赔偿损失、支付违约金等解决方案或要求。
- 若乙方希望继续履行合同，应明确表达这一意愿，并要求甲方撤销清退决定。
- 若乙方认为继续履行合同已不可能或无意义，可以要求甲方按照合同约定或法律规定支付赔偿金或违约金。
设定回复期限与后续行动：
- 在回函中设定一个合理的回复期限，要求甲方在该期限内给予明确答复。
- 表明若甲方未在规定期限内回复或拒绝乙方合理要求，乙方将采取进一步法律行动，如提起诉讼或申请仲裁等。
二、回函示例
关于不同意甲方中途清退的回函
甲方（公司名称）：
我方已收到贵方关于中途清退我方的通知，对此我方表示坚决不同意。现就相关事宜回函如下：
一、我方认为，贵方中途清退我方的决定缺乏合法依据和合同依据。根据双方签订的《（合同名称）》第（条款编号）条之规定，合同期限为（具体期限），在合同期限内，任何一方不得无故解除合同。贵方在未与我方协商一致且未出现合同约定的解除条件的情况下，单方面决定清退我方，已构成违约。
二、贵方中途清退我方，将给我方带来重大损失。包括但不限于预期收益的丧失、已投入成本的无法回收、业务中断带来的额外费用等。这些损失是贵方违约行为直接导致的，我方有权要求贵方承担相应的赔偿责任。
三、鉴于上述情况，我方提出以下解决方案：
- 继续履行合同，撤销清退决定，确保双方合作顺利进行。
- 若贵方坚持清退，则应按照合同约定或法律规定支付赔偿金或违约金，以弥补我方因此遭受的损失。
四、请贵方在收到本回函之日起（具体期限）日内给予明确答复。若贵方未在规定期限内回复或拒绝我方合理要求，我方将采取进一步法律行动，以维护自身合法权益。
特此回函！
乙方（公司名称/个人姓名）
（日期）
三、注意事项
- 保持冷静与理性：在回函过程中，乙方应保持冷静与理性，避免情绪化表达或采取过激行为。
- 保留证据：乙方应妥善保管与合同履行相关的所有证据，如合同文本、付款凭证、沟通记录等，以备不时之需。
- 及时咨询专业律师：若乙方对合同条款或法律规定存在疑问，或担心自身权益无法得到充分保障，应及时向我咨询，以便获得更专业的法律建议和支持。
希望以上内容能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。