乙方不同意甲方扣款的回函，应当明确表明不同意的立场，并详细陈述理由和依据。以下是一个具体的回函范例，以及相关的法律分析：
一. 回函范例
[乙方公司抬头/个人姓名]
[乙方地址]
[日期]
[甲方公司抬头/个人姓名]
[甲方地址]
主题：关于不同意XX款项扣除的回函
尊敬的[甲方公司/个人姓名]：
我方已收到贵方关于XX合同（合同编号：XXXX）中XX款项扣除的通知。经过仔细核查与内部讨论，我方对此扣款决定持有异议，并不同意贵方的扣款行为。现陈述如下理由：
1. **扣款依据不足**：根据合同第X条（或相关法律依据），贵方提出的扣款理由并不成立。我方已按照合同约定履行了相关义务，并未违反任何条款，因此不应承担扣款责任。
2. **扣款金额有误**：即便存在扣款情形，贵方计算的扣款金额也存在明显错误。根据合同约定的计算方式及实际情况，我方认为扣款金额应为XX元，而非贵方提出的XX元。
3. **沟通协商未果**：在收到扣款通知后，我方已积极与贵方进行沟通，但未能就扣款事宜达成一致意见。我方认为，通过友好协商解决争议是更为妥善的方式。
综上所述，我方不同意贵方的扣款决定，并请求贵方立即停止扣款行为，同时与我方就争议事项进行进一步沟通协商。如贵方坚持扣款，我方将保留采取法律手段维护自身合法权益的权利。
敬请贵方审慎考虑我方的意见，并尽快回复。期待与贵方通过友好协商解决此争议。
此致
敬礼！
[乙方公司签字/盖章]
[联系方式]
二. 法律分析
合同依据：回函中首先强调了扣款的合同依据不足，这是基于《中华人民共和国合同法》的相关规定，即合同双方应严格按照合同约定履行义务，未违反合同条款的一方不应承担扣款责任。
金额核算：对于扣款金额的错误，回函中明确指出了计算方式的差异，这体现了对合同细节的严谨态度。在实际操作中，确保扣款金额的准确性是维护双方权益的重要一环。
沟通协商：回函中强调了沟通协商的重要性，这是基于《中华人民共和国合同法》中关于争议解决的规定，即双方应首先通过友好协商解决争议，避免不必要的法律纠纷。
我建议，在发送回函前，乙方应再次仔细核查合同及相关证据材料，确保回函内容的准确性和合法性。同时，保持与甲方的沟通渠道畅通，以便及时就争议事项进行进一步协商。如有进一步需要，您可以继续咨询我。