针对乙方质量不合格却要求甲方付款的情况，甲方在回复函中应当明确、专业且有力地表达自己的立场和要求。以下是一个建议的回复函框架，供您参考：
回复函
致：[乙方公司名称]
主题：关于[具体项目或产品名称]质量不合格及付款要求的回复
尊敬的乙方公司：
我方（甲方）已收到贵方关于[具体项目或产品名称]的付款要求。然而，在经过仔细的质量验收后，我们发现贵方提供的产品/服务存在以下质量问题：[详细列出质量问题，如“产品功能不达标”、“材料不符合合同约定标准”等]。
鉴于上述问题，我方认为贵方的产品/服务未满足合同约定的质量标准，因此，我方有权依据合同的相关条款（如质量保证条款、违约责任条款等）拒绝支付款项，并保留进一步追究贵方违约责任的权利。
为妥善解决此事，我方建议如下：
贵方应立即对质量问题进行整改，确保产品/服务符合合同约定的质量标准。整改完成后，需重新提交给我方进行验收。
双方可协商解决方案，如达成新的协议，明确整改期限、验收标准以及款项支付等事宜。
若贵方无法或不愿进行整改，我方将不得不采取法律手段维护自身权益，包括但不限于提起诉讼、申请仲裁等。
请贵方在收到本回复函后[具体天数，如“7日内”]内给予明确回复，并表明贵方的态度及解决方案。我方期待与贵方通过友好协商的方式解决此问题，以维护双方的长期合作关系。
此致
敬礼！
[甲方公司名称]
[日期]
请根据实际情况调整上述模板中的具体内容，如公司名称、项目或产品名称、质量问题描述等，以确保回复函的准确性和针对性。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请随时与我联系。