关于开发商分笔保证金在阶段性保证责任免除后，银行是整体退还还是分笔退还的问题，这主要取决于开发商与银行之间签订的保证合同中的具体约定。以下是对此问题的详细分析：
合同约定优先：
- 在法律实践中，合同是双方权利义务的主要依据。如果开发商与银行在保证合同中明确约定了保证金在阶段性保证责任免除后的退还方式（如整体退还或分笔退还），那么双方应严格按照合同约定执行。
无约定时的处理原则：
- 如果保证合同中没有明确约定保证金的退还方式，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，双方可以协商确定退还方式。
- 在协商无果的情况下，可以参照行业惯例或交易习惯来确定。一般来说，如果保证金是分笔缴纳的，且每笔保证金对应特定的阶段性保证责任，那么在阶段性保证责任免除后，银行可能会按照缴纳的顺序或比例分笔退还保证金。但这也并非绝对，具体还需根据实际情况和双方协商结果来确定。
实际操作中的考虑因素：
- 银行操作流程：银行在处理保证金退还时，可能会考虑其内部操作流程和风险控制要求。例如，银行可能会要求开发商提供完整的阶段性保证责任免除证明文件后，再按照约定的方式退还保证金。
- 开发商资金需求：开发商在申请保证金退还时，可能会考虑其自身的资金需求和安排。如果开发商希望尽快收回资金，可能会与银行协商采用整体退还的方式；如果开发商对资金回收时间要求不高，或者希望与银行保持长期合作关系，可能会接受分笔退还的方式。
法律建议：
- 明确合同条款：为了避免未来可能出现的纠纷，建议开发商在与银行签订保证合同时，明确约定保证金在阶段性保证责任免除后的退还方式、时间、条件等条款。
- 及时沟通协商：在阶段性保证责任免除后，开发商应及时与银行沟通协商保证金的退还事宜，确保双方对退还方式、时间等达成一致意见。
- 保留相关证据：开发商在申请保证金退还时，应保留好相关的证明文件和沟通记录，以备未来可能出现的纠纷时使用。
总结来说，开发商分笔保证金在阶段性保证责任免除后，银行是整体退还还是分笔退还，主要取决于保证合同中的具体约定。如果合同中没有明确约定，双方应协商确定退还方式，并可以参照行业惯例或交易习惯来处理。在实际操作中，开发商应明确合同条款、及时沟通协商并保留相关证据，以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。