核心结论：公司因他方造成损失超过三年，处理方式需结合诉讼时效、证据留存、协商调解及特殊情形综合判断，具体如下：

1. 诉讼时效是否已过？

根据《民法典》第188条，普通诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道权利受损及义务人之日起计算。若超过3年未主张权利，对方可能提出“诉讼时效抗辩”，导致法院驳回诉求。但需注意：

• 时效中断：若在3年内曾向对方主张权利（如发函、起诉、协商等），时效从中断时重新计算3年；
• 时效中止：若因不可抗力（如自然灾害、疫情）或其他障碍无法主张权利，时效可暂停计算，障碍消除后继续计算；
• 最长保护期：自权利受损之日起超过20年的，法院不予保护（特殊情形除外）。

建议：立即梳理是否曾主张权利或存在时效中断/中止情形，若未超过最长保护期，仍可起诉。

2. 证据是否充分？

即使诉讼时效未过，若证据不足（如合同、损失证明、对方过错证据等），仍可能败诉。需重点留存：

• 损失证明：财务记录、审计报告、第三方评估等；
• 因果关系证据：证明对方行为与损失的直接关联（如专家意见、行业报告）；
• 对方过错证据：如违约、侵权、故意或过失的证明材料。

建议：尽快补充证据，必要时申请法院委托鉴定或调查取证。

3. 协商或调解的可能性

若诉讼风险较高（如时效临近、证据薄弱），可尝试通过协商、调解或仲裁解决：

• 协商：直接与对方谈判，争取赔偿或补偿；
• 调解：通过行业协会、商会或第三方调解机构介入；
• 仲裁：若合同中有仲裁条款，可申请仲裁（时效计算与诉讼类似，但程序更灵活）。

建议：协商时注意保留书面记录（如邮件、微信），避免口头承诺无据可依。

4. 特殊情形下的处理

• 对方承认债务：若对方在诉讼时效届满后书面承认债务或同意履行，可视为放弃时效抗辩，仍可起诉；
• 刑事报案：若对方行为涉嫌犯罪（如诈骗、职务侵占），可向公安机关报案，通过刑事追赃挽回损失；
• 破产程序：若对方已进入破产程序，需在破产债权申报期内申报债权，按破产法规定受偿。

总结：公司因他方造成损失超过三年，需优先评估诉讼时效、证据充分性，再选择诉讼、协商或调解等路径。若时效已过但证据充分，仍可尝试起诉；若时效未过但证据不足，需补充证据或调整策略。具体操作可进一步向我咨询，我会结合案情提供详细方案。