关于二楼改独立下水后物业是否有责任的问题，需分情况讨论，具体如下：
若二楼改造行为未影响公共排水设施，且物业已尽到维护义务
- 在这种情况下，二楼住户自行改造独立下水，若改造过程规范且未对公共排水管道造成任何影响，同时物业公司也按照相关规定对公共排水设施进行了定期维护、保养和管理，确保排水系统正常运行，那么当出现反水等问题时，物业通常不承担责任。因为物业的责任主要在于对公共区域的维护和管理，而二楼的独立改造行为若未涉及公共区域，物业便无直接关联。
若二楼改造行为影响公共排水设施，或物业未尽到维护义务
- 二楼改造影响公共排水：如果二楼住户在改造独立下水时，不合理地封堵、截断了公共排水管道，或者改造过程中操作不当导致公共排水管道受损，进而影响了整栋楼的排水顺畅性，那么当三楼或其他楼层出现反水问题时，二楼住户应承担主要责任，同时物业也可能因未及时发现并制止此类违规行为而承担一定的管理责任。
- 物业未尽维护义务：若公共排水管道（如主排水立管）因老化、损坏或长期积累的杂物堵塞等问题导致排水能力降低，而物业公司未按照相关规定进行定期检查、清理和维护，导致二楼改独立下水后发生反水，那么物业应承担相应的责任。因为物业有义务确保公共排水设施的正常运行，若因疏忽或管理不善导致问题发生，则需承担相应的法律后果。
法律建议与后续行动：
- 协商沟通：首先，建议相关住户（如三楼住户）与二楼住户、物业公司进行协商沟通，明确反水问题的原因及责任归属，并寻求合理的解决方案。
- 专业评估：若协商无果，可聘请专业人员对排水系统进行检查和评估，以确定反水的真正原因及责任方。这有助于为后续的法律行动提供有力的证据支持。
- 法律途径：若责任方拒绝承担责任或协商无果，相关住户可考虑通过法律途径维护自身权益，如向法院提起诉讼或向相关部门投诉等。
可能涉及的法律条款：
- 《中华人民共和国民法典》第一千一百七十二条：二人以上分别实施侵权行为造成同一损害，能够确定责任大小的，各自承担相应的责任；难以确定责任大小的，平均承担责任。这一条款在确定多方责任时具有重要意义。
在处理此类纠纷时，应秉持公平、公正的原则，依据相关法律法规和事实依据进行判定。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。