结论：二楼改单独下水道后，三楼反水是否有责任，需视具体情况而定，主要取决于二楼的改造行为是否合法合规以及是否对三楼造成了影响。以下从不同角度进行分析：
一、二楼改造行为的合法性
若二楼改造行为合法：
- 如果二楼在改造下水道时，已经获得了相关部门的批准，并且改造过程符合建筑规范和安全标准，没有影响到三楼的下水道正常使用，那么三楼反水可能并非二楼改造所致，二楼通常无需承担责任。
- 在这种情况下，三楼反水可能是由于其他原因，如管道老化、堵塞或设计不合理等，三楼业主应自行承担维修责任或寻求物业协助解决。
若二楼改造行为违法：
- 如果二楼在改造下水道时，未经相关部门批准，或者改造过程违反了建筑规范和安全标准，导致三楼下水道受到影响并反水，那么二楼业主应承担相应的法律责任。
- 根据《民法典》的相关规定，二楼业主的行为可能构成对三楼业主相邻权的侵害，三楼业主有权要求二楼业主停止侵害、排除妨碍并赔偿损失。
二、二楼改造行为对三楼的影响
直接因果关系：
- 如果二楼的改造行为直接导致了三楼反水，例如改造过程中破坏了原有管道或改变了管道走向，使得三楼下水道无法正常排水，那么二楼业主应承担全部或主要责任。
间接因果关系：
- 如果二楼的改造行为并非直接导致三楼反水的原因，但可能间接影响了三楼下水道的正常使用，例如改造后下水道水流速度改变导致三楼管道更容易堵塞，那么二楼业主的责任可能相对较轻，但仍需承担一定的赔偿责任。
三、物业的责任
- 在处理此类纠纷时，物业也扮演着重要角色。物业有责任对小区内的公共设施进行维护和管理，包括下水道系统。
- 如果三楼反水是由于物业维护不当或管理不善导致的，例如物业未及时清理下水道堵塞物或未对老化管道进行更换，那么物业也应承担相应的责任。
四、建议与措施
协商解决：
- 发生纠纷后，三楼业主应首先与二楼业主进行协商，尝试通过友好方式解决问题。可以邀请物业或相关部门参与调解，以达成双方都能接受的解决方案。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，三楼业主可以寻求法律援助，向法院提起诉讼或申请仲裁，要求二楼业主承担相应的法律责任。在此过程中，应保留好相关证据，如改造前后的照片、视频、物业维修记录等，以支持自己的主张。
加强预防与维护：
- 为避免类似纠纷的发生，业主在改造房屋时应遵守相关法律法规和建筑规范，确保改造行为合法合规。同时，物业也应加强对小区内公共设施的维护和管理，定期检查并更换老化管道，确保下水道系统的正常运行。
总结：二楼改单独下水道后三楼反水是否有责任，需根据二楼改造行为的合法性、对三楼的影响以及物业的责任等多方面因素进行综合判断。在处理此类纠纷时，应优先考虑协商解决，并保留好相关证据以支持自己的主张。如有需要，可寻求法律援助以维护自己的合法权益。