关于“改独立管道导致反水谁的责任”这一问题，责任归属需根据具体情况来判断。以下是根据相关法律法规和常见处理方式给出的分析：
二楼管路问题：
- 如果二楼在改独立管道时，由于自身管路问题（如管道安装不当、老化、破裂等）导致三楼反水，那么责任在二楼住户。二楼住户应负责维修并赔偿因此给三楼住户造成的损失。
下水管道原始堵塞：
- 如果下水管道在二楼改独立管道之前就已经存在堵塞问题，且二楼住户在改管道时并不知情，那么责任可能需要由二楼、一楼和物业共同承担。在这种情况下，二楼、一楼和物业应协商共同出资或分工维修，以解决反水问题。
物业未处理已知堵塞：
- 如果物业已经知晓下水管道存在堵塞问题，但未及时进行处理，导致二楼改独立管道后三楼反水，那么责任应由物业承担。物业应负责维修并可能承担因此给三楼住户造成的损失。
在处理此类问题时，建议各方首先进行友好协商，尝试达成共识并解决问题。如果协商无果，三楼住户可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，包括向相关部门投诉或向法院提起诉讼。
综上所述，改独立管道导致反水的责任归属需根据具体情况来判断，可能涉及二楼住户、一楼住户和物业等多方责任。在处理此类问题时，应充分考虑各方因素并寻求妥善解决方案。