个人借用公司资质承包工程的行为，通常由建设行政主管部门进行处罚。以下是对此问题的详细分析：
一、法律背景与处罚依据
根据《中华人民共和国建筑法》及相关法规，建筑企业必须具备相应的资质才能承接工程。个人借用公司资质承包工程，属于违法行为，因为它违反了建筑市场的准入制度，破坏了建筑市场的公平竞争秩序。对于此类行为，建设行政主管部门有权进行处罚。
二、处罚措施
行政处罚：
- 建设行政主管部门可以对借用资质的个人和出借资质的公司进行行政处罚，包括但不限于警告、罚款、没收违法所得、责令停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等。
- 罚款的数额通常根据违法行为的严重程度、违法所得的金额以及造成的后果等因素来确定。
刑事责任：
- 如果个人借用公司资质承包工程的行为情节严重，构成犯罪的，如串通投标罪、合同诈骗罪等，还将依法追究刑事责任。
三、具体处罚情形
对借用资质个人的处罚：
- 个人可能因违反建筑市场准入制度而受到行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
- 如果个人在借用资质过程中存在欺诈、贿赂等违法行为，还可能面临更严重的法律后果。
对出借资质公司的处罚：
- 公司可能因出借资质而受到行政处罚，如警告、罚款、责令停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等。
- 如果公司出借资质的行为导致工程质量问题或安全事故，公司还将承担相应的民事赔偿责任和刑事责任。
四、实际案例与法律后果
在实际操作中，建设行政主管部门会定期对建筑市场进行巡查和检查，发现个人借用公司资质承包工程的行为后，会依法进行处罚。例如，某地区曾发生一起个人借用公司资质承包工程的案件，最终该个人和出借资质的公司均被处以罚款，并没收了违法所得。此外，该公司的资质等级也被降低，对其未来的业务发展产生了严重影响。
五、建议与风险提示
- 遵守法律法规：个人和公司都应严格遵守建筑市场的法律法规，不得借用或出借资质承接工程。
- 加强内部管理：公司应建立健全内部管理制度，加强对资质证书的管理和保护，防止被他人非法借用。
- 寻求合法途径：如果个人有承接工程的意愿，应通过合法途径获得相应的资质证书，或与具备资质的公司合作，共同承接工程。
作为专业律师，我建议你在遇到此类问题时，及时咨询专业法律意见，以确保自己的合法权益得到保护。如果你有任何关于公司法务或建设工程方面的法律问题，都可以直接向我咨询。