工程机械施工租赁合同是否扣质保金，需分情况讨论，主要取决于合同双方的具体约定以及行业惯例，但法律并未强制要求必须扣留质保金。具体分析如下：

1. 合同约定优先
   若租赁合同中明确约定了质保金条款（如扣留比例、返还条件、期限等），则双方应按合同履行。例如：

   • 合同约定“承租方扣留租金总额的5%作为质保金，租赁期满且设备无损坏后30日内返还”，则承租方有权按约定扣留；
     
   • 若合同未约定质保金，承租方单方要求扣留可能构成违约，出租方可拒绝。

2. 行业惯例的参考作用
   在工程机械租赁领域，部分行业惯例可能支持扣留质保金（如扣留1-3个月租金作为设备维修保障），但惯例本身不具有强制力。若合同未明确约定，承租方以“行业惯例”为由扣留质保金，出租方可主张无效，除非能证明双方曾默认接受该惯例。

3. 法律对质保金的限制
   即使合同约定扣留质保金，也需符合以下法律要求：

   • 比例合理性：质保金比例应与设备价值、租赁期限、维修风险匹配，过高部分可能被认定为“显失公平”；
     
   • 返还条件明确：合同应约定清晰的返还条件（如设备归还时的状态、维修责任划分），避免模糊条款导致纠纷；
     
   • 不得滥用权利：承租方不得以质保金为由拖延支付租金或恶意扣留，否则可能承担违约责任。

建议：

• 若您是出租方，建议在合同中明确质保金条款（比例、返还条件、违约责任），避免口头约定；
  
• 若您是承租方，需审查质保金比例是否合理，并要求出租方提供设备维修记录，防止以质保金名义变相收取高额费用；
  
• 发生纠纷时，可依据合同约定、行业惯例及《民法典》合同编相关规定主张权利。
  

如有具体合同条款或纠纷场景，可进一步向我咨询，我会结合细节为您分析。