公司扣留员工个人职业证书是违法的。以下从不同角度对此问题进行分析：

法律背景与规定

1. 《劳动合同法》的相关规定：

   • 根据《劳动合同法》第九条，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。这里的“其他证件”包括但不限于职业资格证书、学历证书等个人重要证件。

2. 职业资格证书的性质：

   • 职业资格证书是劳动者个人通过努力学习和考试获得的，证明其具备从事特定职业所需技能和知识的凭证。它属于劳动者的个人财产，用人单位无权扣留。

违法行为的后果

1. 行政处罚：

   • 如果用人单位扣留员工的职业资格证书，劳动行政部门有权责令其限期退还劳动者本人，并可能依据相关法律法规对用人单位处以罚款。

2. 民事赔偿：

   • 扣留职业资格证书还可能给劳动者造成经济损失，如因无法及时提供证书而错失工作机会、影响职业发展等。在这种情况下，劳动者有权要求用人单位赔偿因此造成的损失。

特殊情况与例外

• 一般情况下，不存在用人单位可以合法扣留员工职业资格证书的例外情况。即使员工与用人单位之间存在某些特殊约定或协议，这些约定或协议也不能违反法律法规的强制性规定，否则将被视为无效。

法律建议与行动指南

1. 与用人单位协商：

   • 如果发现用人单位扣留了自己的职业资格证书，首先可以尝试与用人单位进行协商，要求其立即退还证书。

2. 向劳动行政部门投诉：

   • 如果协商无果，可以向当地的劳动行政部门（如劳动监察大队）投诉，请求其介入调查并处理。

3. 寻求法律援助或提起诉讼：

   • 如果因扣留证书而遭受了经济损失或其他损害，还可以考虑寻求法律援助或向法院提起诉讼，要求用人单位承担相应的法律责任。

总结与启示：公司扣留员工个人职业证书是违法的行为，不仅违反了《劳动合同法》的相关规定，还可能给劳动者造成经济损失和职业发展上的阻碍。因此，劳动者在遇到此类情况时，应勇敢维护自己的合法权益，及时与用人单位协商、向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。