结论：应届毕业生签三方协议时基本工资低，对入职本身一般没有直接影响，但可能对后续的薪资调整、社保缴纳基数、经济补偿计算以及职业发展产生一定影响。以下从不同角度详细分析：

1. 对入职的影响：

   • 入职流程：三方协议主要是毕业生、用人单位和学校三方之间就毕业生就业达成的意向性协议，它并不直接等同于劳动合同。因此，协议中约定的基本工资低，通常不会影响你按照协议约定的时间和岗位入职。
   • 入职条件：除非协议中有特别约定，如“若薪资未达到某标准，则协议无效”等，否则基本工资的高低不会成为入职的障碍。

2. 对后续薪资调整的影响：

   • 薪资结构：三方协议中的基本工资可能只是你整体薪资的一部分，用人单位可能还会根据工作表现、业绩等因素给予奖金、津贴等。因此，即使基本工资低，也不代表你的总收入会低。
   • 薪资调整机制：入职后，用人单位通常会根据公司的薪资调整机制和你的工作表现来调整薪资。如果你在工作中表现出色，完全有可能获得薪资的提升。

3. 对社保缴纳基数的影响：

   • 社保缴纳：根据法律规定，用人单位应当按照职工的实际工资水平来缴纳社会保险费。如果三方协议中的基本工资低于你的实际工资水平，那么在缴纳社保时，可能会以协议中的工资为基数，这可能会影响到你未来的社保待遇。但实际操作中，很多单位会以实际发放工资为基数缴纳社保，具体需看单位操作。
   • 应对策略：在签订三方协议时，可以与用人单位明确社保缴纳基数的问题，确保自己的权益不受损害。

4. 对经济补偿计算的影响：

   • 经济补偿：如果未来因某种原因（如用人单位违法解除劳动合同）需要计算经济补偿时，通常会以你在劳动合同解除前十二个月的平均工资为计算基数。如果三方协议中的基本工资低于你的实际平均工资水平，那么这可能会影响到经济补偿的计算。
   • 注意事项：在签订劳动合同时，应确保合同中的工资条款与实际情况相符，以避免未来可能出现的纠纷。

5. 对职业发展的影响：

   • 薪资期望：虽然三方协议中的基本工资低不会直接影响你的入职，但它可能会影响到你对未来薪资的期望和谈判能力。在入职后与用人单位进行薪资谈判时，你需要根据自己的实际能力和市场情况来合理设定薪资期望。
   • 职业规划：薪资只是职业发展中的一个方面，更重要的是要关注自己的职业成长和晋升机会。在选择用人单位时，除了考虑薪资水平外，还要考虑公司的文化、发展前景、培训机会等因素。

建议：在签订三方协议时，除了关注基本工资外，还要仔细阅读协议中的其他条款，如工作内容、工作地点、工作时间、福利待遇等，确保自己的权益得到充分保障。如果有任何疑问或不确定的地方，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。