核心结论：明知道是刑事犯罪但立案通知书上写的是行政的，这种情况可能由多种原因导致，以下从几个主要角度进行分析。
案件性质初步判断错误：
- 在案件初期，公安机关可能根据初步掌握的信息，对案件性质判断存在误差。例如，某些行为在表面上看似行政违法，但深入调查后可能发现涉及刑事犯罪。这种情况下，立案通知书可能最初以行政案件立案，但随着调查的深入，案件性质可能会被重新认定为刑事犯罪。
- 法律建议：如果发现立案通知书上的案件性质与实际情况不符，应及时向公安机关提出异议，并提供相关证据或线索，以便公安机关重新评估案件性质。
立案程序上的特殊处理：
- 在某些情况下，为了更有效地推进案件调查，公安机关可能会先以行政案件立案，以便在调查过程中收集更多证据。一旦证据充分，再转为刑事案件处理。这种做法虽然不常见，但在某些复杂或敏感的案件中可能会被采用。
- 法律背景：根据《刑事诉讼法》的相关规定，公安机关在立案后，有权根据案件调查的需要，调整案件的性质和处理方式。
- 法律建议：如果对立案程序有疑问，可以要求公安机关解释立案的依据和目的，并关注案件后续的发展动态。
立案通知书填写错误或遗漏：
- 立案通知书是公安机关正式立案的书面通知，其填写应当准确无误。然而，在实际操作中，由于人为因素或系统错误，立案通知书上的案件性质可能会填写错误或遗漏。
- 法律建议：一旦发现立案通知书上的案件性质填写错误或遗漏，应立即与公安机关联系，要求更正或补充立案通知书上的相关信息。
行政与刑事交叉案件的处理：
- 在某些案件中，行为可能同时涉及行政违法和刑事犯罪。例如，某人的行为可能既违反了行政管理规定，又构成了犯罪。在这种情况下，公安机关可能会同时启动行政和刑事程序，但立案通知书上可能只注明了行政案件。
- 法律背景：根据相关法律法规，对于行政与刑事交叉的案件，公安机关有权根据案件的具体情况，决定先处理哪一部分或同时处理两部分。
- 法律建议：如果案件涉及行政与刑事交叉，应咨询专业律师，了解案件的具体处理方式和可能面临的法律后果。
进一步思考：在面对立案通知书上案件性质与实际情况不符的情况时，除了及时与公安机关沟通外，还可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师。律师可以根据案件的具体情况，提供专业的法律意见和帮助，确保你的合法权益得到保障。同时，也要保持对案件的关注，及时了解案件的最新进展和动态。