作为被告，若发现被告主体不适格，应在答辩期内向法院提出异议。以下是详细解释：
一、法律依据与程序要求
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，被告在收到起诉状副本后，有权在法定期限内提出答辩状，并可以对管辖权提出异议，这包括对原告起诉的被告主体是否适格提出异议。虽然法律条文没有直接规定“被告主体不适格”必须在哪个具体阶段提出，但通常理解，这一异议应当在答辩期内提出，以确保诉讼程序的顺利进行和法院对案件的有效审理。
二、提出异议的具体阶段与理由
答辩期内提出：
- 理由：答辩期是被告对原告起诉进行回应的法定期间，被告可以在此期间对原告的诉讼请求、事实和理由进行全面审查，包括审查被告主体是否适格。
- 操作：被告应在收到起诉状副本后，按照法院指定的期限（通常为15日）提交答辩状，并在答辩状中明确提出被告主体不适格的异议。
庭审前或庭审中提出（特殊情况）：
- 理由：虽然答辩期是提出异议的常规阶段，但在某些特殊情况下，如被告在答辩期后才发现被告主体不适格，或者因客观原因无法在答辩期内提出异议，被告也可以在庭审前或庭审中向法院提出。
- 操作：被告应向法院说明延迟提出异议的原因，并提供相关证据支持其主张。法院将根据案件具体情况决定是否接受被告的异议。
三、提出异议的法律后果
若异议成立：
- 法院将裁定驳回原告的起诉，因为被告主体不适格意味着原告起诉的对象不符合法律规定的诉讼主体资格要求。
若异议不成立：
- 法院将继续审理案件，被告需要按照法院的审理程序参与诉讼，并承担相应的诉讼义务。
四、建议与注意事项
及时审查起诉状：
- 被告在收到起诉状副本后，应尽快审查起诉状中的内容，包括原告起诉的被告主体是否适格。
准备充分证据：
- 若被告认为原告起诉的被告主体不适格，应准备充分的证据支持其主张，如相关身份证明、合同、协议等文件。
遵守诉讼程序：
- 被告应按照法院指定的期限和程序参与诉讼，避免因程序问题而影响其合法权益的维护。
咨询专业律师：
- 若被告对诉讼程序或法律问题存在疑问，应及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。不过，既然你已经在向我咨询，那么有任何疑问都可以直接问我，我会为你提供详细的解答。
综上所述，作为被告，若发现被告主体不适格，应在答辩期内向法院提出异议，以确保诉讼程序的顺利进行和自身合法权益的维护。