业主与非婚生子约定的协议，在符合相关法律法规规定和民法基本原则的前提下，是合法有效的。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国民法典》第一百四十三条：
- 该条款规定了民事法律行为有效的三个基本条件：行为人具有相应的民事行为能力；意思表示真实；不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。非婚生子协议书作为一种特殊的民事法律行为，也必须满足这些条件才能具备法律效力。
《中华人民共和国民法典》合同编相关规定：
- 非婚生子协议书本质上属于合同的一种，适用合同法的相关规定。只要协议内容是双方平等、自愿协商达成的，且不违反法律法规的强制性规定，该协议即具有法律效力。
《中华人民共和国民法典》第一千零七十一条（婚姻家庭编）：
- 该条款明确规定了非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，任何组织或个人不得加以危害和歧视。这一条款为非婚生子协议书的合法性提供了重要的法律支撑，强调了非婚生子女权益的保护。
二、有效条件
主体合格：
- 签订协议的双方当事人必须具有相应的民事行为能力，即双方均为完全民事行为能力人，能够理解协议内容并独立承担相应的法律后果。若一方为无民事行为能力人或限制民事行为能力人，则所签订的协议可能无效或效力待定。
意思表示真实：
- 协议必须是双方真实意愿的表达，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。若协议是在一方受威胁或欺骗的情况下签订的，受胁迫方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。
内容合法：
- 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。例如，协议不能约定免除一方支付抚养费的义务，因为这违反了父母对子女有抚养教育义务的法律规定。同时，协议也不能包含限制非婚生子女与某一方亲属见面等违背伦理道德的内容。
形式符合要求：
- 虽然法律并未强制要求非婚生子协议书必须采用书面形式，但为了避免日后产生纠纷，建议最好采用书面形式，并由双方当事人签字或盖章。书面协议更有利于明确双方的权利义务关系，并在发生争议时便于举证和维权。
三、实际应用中的注意事项
明确协议内容：
- 在签订非婚生子协议书时，双方应明确协议的具体内容，包括但不限于非婚生子女的抚养、教育、医疗等费用的承担方式，以及非婚生子女与双方当事人的权利义务关系等。
遵循诚信原则：
- 双方应秉持诚信、公平的原则进行协商和签订协议，不得利用协议损害非婚生子女的合法权益或对方的合法权益。
及时咨询专业意见：
- 由于非婚生子协议书涉及复杂的法律关系和权益保护问题，建议在签订前咨询专业律师的意见，以确保协议的合法有效性和执行力。
总结来说，业主与非婚生子约定的协议在符合相关法律法规规定和民法基本原则的前提下是合法有效的。但为了确保协议的合法性和有效性，双方应明确协议内容、遵循诚信原则，并在必要时咨询专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。