自行协商达成的非婚生子女协议，在符合相关法律法规规定和民法基本原则的前提下，是合法有效的。其有效性主要取决于以下几个关键因素：
一、协议有效的前提条件
主体合格：
- 签订协议的双方当事人必须具有相应的民事行为能力，即双方均为完全民事行为能力人，能够理解协议内容并独立承担相应的法律后果。若一方为无民事行为能力人或限制民事行为能力人，则所签订的协议可能无效或效力待定。
意思表示真实：
- 协议必须是双方真实意愿的表达，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。若协议是在一方受威胁或欺骗的情况下签订的，受胁迫方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。例如，若一方以暴力手段迫使另一方签订不利于其子女的协议，该协议则可能因意思表示不真实而无效。
内容合法：
- 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。例如，协议不能约定免除一方支付抚养费的义务，因为这违反了父母对子女有抚养教育义务的法律规定。同时，协议也不能包含限制非婚生子女与某一方亲属见面等违背伦理道德的内容。
形式符合要求：
- 虽然法律并未强制要求非婚生子女协议必须采用书面形式，但为了避免日后产生纠纷，建议最好采用书面形式，并由双方当事人签字或盖章。书面协议更有利于明确双方的权利义务关系，并在发生争议时便于举证和维权。
二、协议无效或可撤销的情形
如果非婚生子女协议存在违反上述法律规定的情形，如限制孩子接受教育的权利、协议是在一方被欺诈或胁迫的情况下签订的等，那么该协议可能会被认定为无效或可撤销。在这种情况下，受影响的一方可以向法院提起诉讼，请求确认协议的无效性或撤销协议。
三、实际应用中的建议
咨询专业律师：
- 在签订非婚生子女协议前，建议双方咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。律师可以根据双方的具体情况，提供针对性的法律建议和指导。
细致审查协议内容：
- 双方应仔细审查协议内容，确保协议条款明确、具体，且不违反法律法规的强制性规定。对于模糊不清或存在歧义的条款，应及时进行修改和完善。
秉持诚信、公平原则：
- 双方在协商和签订协议时，应秉持诚信、公平的原则，确保协议内容真实反映双方的意愿和利益。避免利用协议损害对方或子女的合法权益。
举例说明：假设一对未婚父母自行协商达成了关于非婚生子女抚养权和抚养费的协议。如果协议内容明确、双方具有完全民事行为能力、意思表示真实，且不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，那么该协议就是合法有效的。反之，如果协议中存在免除一方抚养义务或限制子女接受教育等违法条款，那么该协议则可能无效。
总之，自行协商达成的非婚生子女协议在符合相关法律法规规定和民法基本原则的前提下是合法有效的。但为了确保协议的合法性和有效性，建议双方在签订前咨询专业律师的意见，并仔细审查协议内容。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。