结论：三方协议电子签名后是否可以再手动签字，需分情况讨论，主要取决于协议各方的约定以及相关法律法规的要求。

1. 若协议各方已明确约定仅接受电子签名形式
   根据《电子签名法》第三条，民事活动中的合同或其他文件、单证等文书，当事人可以约定使用电子签名。若三方协议中已明确约定“仅接受符合法律规定的电子签名，不接受纸质文件上的手动签字”，则此时再手动签字可能被视为对原协议形式的变更，需取得其他各方的同意。若未经同意擅自手动签字，可能影响协议的效力认定，甚至引发纠纷。

2. 若协议未明确排除手动签字，且各方同意补充手动签字
   若协议未对签字形式作出限制性约定，或各方协商一致同意补充手动签字（例如为满足某些特殊场景下的存档要求），则可以在电子签名后补充手动签字。此时需注意：

   • 手动签字应与电子签名具有同等法律效力（如各方明确认可）；
     
   • 补充签字后，协议可能形成“电子签名+手动签字”的混合形式，需确保两种签字方式不冲突（例如避免因签字时间、主体不一致导致效力争议）；
     
   • 若涉及公证、登记等特殊程序，需提前确认相关机构对混合签字形式的接受度。

3. 从实务风险角度建议

   • 优先明确约定：在签署三方协议前，建议各方通过书面条款明确签字形式（如“本协议采用电子签名，效力等同于手动签字”），避免后续争议；
     
   • 保留证据：若需补充手动签字，建议通过邮件、短信等方式留存各方同意的记录，并注明手动签字的目的（如“仅用于存档，不改变原协议内容”）；
     
   • 法律合规性：确保电子签名符合《电子签名法》要求（如可靠电子签名需满足“专有性、控制性、防篡改”等条件），否则可能被认定为无效。

总结：电子签名后能否手动签字，核心取决于协议约定和各方合意。若您遇到具体协议或场景需进一步分析，可直接向我提供协议条款或背景细节，我会结合法律实务为您详细解答。