诈骗案退款1000元后，后续处理需结合案件阶段、退款性质及是否达成谅解等因素综合判断，具体处理方式如下：

1. 若案件处于侦查阶段（公安机关立案后）

   • 主动退赔的效力：若您作为嫌疑人主动退赔1000元，公安机关会将其作为“退赃退赔”情节记录在案，可能影响后续量刑（如从轻或减轻处罚）。但需注意，退赔金额需与诈骗金额成比例，若诈骗总额远高于1000元，仅退赔部分可能不足以完全消除刑事责任风险。
     
   • 建议操作：联系办案民警确认退赔流程（如是否需签署《退赔协议》），并保留转账凭证、收据等证据，避免后续争议。
     

2. 若案件已移送检察院审查起诉

   • 认罪认罚从宽的适用：若您已签署《认罪认罚具结书》，退赔1000元可能被纳入“认罪认罚”情节，检察院可能提出更轻的量刑建议（如缓刑或罚金刑）。
     
   • 补充退赔的必要性：若诈骗金额较大，建议主动补足剩余退赔金额，以争取检察院出具《量刑建议书》时明确“从宽处理”意见。
     

3. 若案件已进入法院审判阶段

   • 退赔对量刑的影响：根据《刑法》第64条，退赔是法定从轻情节。法院可能根据退赔比例（如全额退赔、部分退赔）调整基准刑，但需结合其他情节（如自首、立功）综合判断。
     
   • 民事赔偿的衔接：若被害人已提起附带民事诉讼，退赔1000元可能被抵扣赔偿款，但需法院确认。若未提起，退赔可能影响被害人是否出具《谅解书》（谅解书是重要量刑情节）。
     

4. 若您是被害人（已收到1000元退款）

   • 确认退款性质：需明确1000元是“部分退赔”还是“全额退款”。若为部分退赔，可要求嫌疑人继续退还剩余金额；若为全额退款，需签署《收条》并确认无其他纠纷。
     
   • 刑事附带民事诉讼的启动：若嫌疑人未退赔全部损失，您可在刑事案件审理中提起附带民事诉讼，要求赔偿经济损失（如转账记录、聊天记录等证据需留存）。
     

关键提醒：

• 退赔需通过公安机关、检察院或法院的官方账户进行，避免私下交易导致证据无效；
  
• 若涉及跨境诈骗或复杂资金流向，建议委托律师协助梳理资金链，提高退赔效率；
  
• 退赔后仍需配合调查，如实陈述事实，避免因隐瞒情节影响量刑。
  

如有具体案件细节（如诈骗金额、退赔比例、案件阶段等），可进一步向我说明，我会结合实际情况提供更精准的建议。