针对您提出的“合同诈骗案退款后两万怎么处理”的问题，我将结合相关法律法规和司法实践，为您详细解答。
首先，需要明确的是，合同诈骗2万元已经达到了刑事立案的标准，构成合同诈骗罪。然而，在案件处理过程中，如果犯罪嫌疑人能够积极退赔被害人的损失，这通常会被视为有悔罪表现，从而在量刑时作为从轻处罚的情节予以考虑。
一、退款对量刑的影响
立案前退款：如果犯罪嫌疑人在立案前就主动退赔了全部或部分诈骗款项，这显示了其对自身错误的认识和改正的意愿。在量刑时，法庭会酌情从轻处理，甚至有可能适用缓刑。
立案后退款：即使是在立案之后进行退款，虽然不能完全免除犯罪嫌疑人的刑事责任，但也能在一定程度上减轻其应承担的罪责。法院在量刑时，会综合考虑诈骗的具体金额、犯罪情节的严重程度以及退款所占比例等因素，来精准裁量刑罚。
二、退款后的司法程序
侦查阶段：在侦查阶段，侦查机关会全面收集与案件相关的各种证据，包括犯罪嫌疑人的供述、被害人的陈述、相关书证和物证等。如果犯罪嫌疑人在此阶段主动退赔，侦查机关会将其作为从轻处罚的情节记录在案。
审查起诉阶段：案件进入审查起诉阶段后，检察机关会根据侦查机关提供的证据，决定是否对犯罪嫌疑人提起公诉。如果犯罪嫌疑人积极退赔，检察机关在提出量刑建议时，也会将其作为从轻处罚的情节予以考虑。
审判阶段：在审判阶段，法院会依法对案件进行审理，并根据犯罪嫌疑人的犯罪情节、退赔情况等因素，作出相应的判决。如果法院认定犯罪情节较轻，且犯罪嫌疑人积极退赔，有适用缓刑的可能。
三、被害人的权益保护
对于遭受合同诈骗的被害人来说，退款能够在一定程度上弥补他们所遭受的经济损失。在刑事诉讼的过程中，被害人有权提起附带民事诉讼，要求犯罪嫌疑人对剩余的损失进行赔偿。这样能最大程度地维护被害人的合法权益，使其在经济上得到一定的补偿。
四、特殊情况下的处理
如果退款行为是在司法机关采取追缴、责令退赔等措施的推动下进行的，那么这将作为司法机关量刑时的重要参考依据。这既体现了法律的公正性，也能更好地保护被害人的利益。
综上所述，合同诈骗案退款后两万的处理方式主要取决于退款的时间、金额以及犯罪嫌疑人的悔罪表现等因素。在司法程序中，退款行为通常会被视为从轻处罚的情节，但并不能完全免除犯罪嫌疑人的刑事责任。同时，被害人也有权通过提起附带民事诉讼来维护自己的合法权益。