在机动车事故中，若对方不肯认定调解结果，一般情况下不能直接申请扣留双方车辆，但可以通过合法途径采取保全措施或申请交警部门协助处理，具体如下：

1. 关于车辆扣留的法律规定
   根据《道路交通安全法》第七十二条，交警部门因收集证据的需要，可以扣留事故车辆，但需出具行政强制措施凭证，且扣留期限一般不超过30日（经批准可延长至60日）。普通民事主体（如事故双方）无权自行申请扣留对方车辆，否则可能涉嫌非法扣押财产，需承担法律责任。

2. 对方拒绝调解时的合法应对方式

   • 申请诉前财产保全：若担心对方转移财产（如车辆），可向法院申请诉前财产保全，提供担保后法院可裁定扣押车辆。需在30日内提起诉讼，否则保全措施将解除。
     
   • 通过交警部门协调：若事故责任未认定，可要求交警继续调查并出具《事故责任认定书》。若对方仍不配合，可凭认定书向法院起诉，并申请法院强制执行。
     
   • 提起民事诉讼：直接向法院起诉要求赔偿，法院受理后可依申请采取保全措施（如扣押车辆），或通过判决强制对方履行义务。

3. 操作建议

   • 保留证据：立即拍照、录像固定事故现场，保存医疗记录、维修发票等损失证据。
     
   • 及时报警：要求交警出具《事故责任认定书》，这是后续维权的核心依据。
     
   • 咨询律师：根据事故严重程度、损失金额等，制定诉讼或调解策略，避免因程序错误影响权益。

总结：对方拒绝调解时，应通过法律程序（如诉前保全、诉讼）维护权益，而非自行扣车。若需进一步协助，可提供事故细节，我会为您分析具体操作路径。