核心结论：当行贿人案涉工程项目实际利润不足以满足纪委要求上缴的违法所得数额时，可通过以下途径解决：

1. 核查违法所得计算依据
   首先需明确纪委认定违法所得的具体计算方式。根据《刑法》第六十四条及《关于办理受贿刑事案件适用法律若干问题的意见》，违法所得通常指行贿人通过行贿行为实际获取的不正当利益，包括但不限于：

   • 工程项目中因行贿获得的超额利润（如通过不正当手段中标后节省的成本、提高的报价等）；
     
   • 行贿行为直接导致的财产性利益（如规避的罚款、获得的补贴等）。
     建议：要求纪委提供违法所得的计算明细，核对是否存在重复计算、扩大范围或错误认定的情况。若实际利润低于认定数额，可申请复核或提供财务审计报告等证据予以反驳。

2. 主张扣除合理成本
   若纪委将工程项目全部收入认定为违法所得，可主张扣除合法成本（如材料费、人工费、税费等）。根据《刑事诉讼法解释》第五百一十五条，违法所得的追缴应限于“实际取得”的数额，而非项目总收入。
   示例：若项目总收入为1000万元，但合法成本为800万元，实际利润仅200万元，则违法所得应以200万元为限。
   操作：提供完整的财务账目、合同、发票等证据，证明成本支出的合理性。

3. 协商分期缴纳或以物抵债
   若确实无力一次性缴纳全部违法所得，可与纪委协商分期缴纳。根据《行政处罚法》第六十六条，当事人确有经济困难的，可申请延期或分期缴纳罚款（违法所得追缴可参照此原则）。
   替代方案：若行贿人持有可变现资产（如房产、车辆等），可提议以资产折价抵缴违法所得，但需经纪委同意并评估资产价值。

4. 申请减免或从宽处理
   若行贿人具有自首、立功、认罪认罚等情节，可依据《刑法》第三百九十条第二款及《监察法实施条例》第二百零八条，申请从宽处理或减免违法所得。
   关键点：需主动配合调查、退缴部分违法所得，并证明自身行为的社会危害性较低（如行贿金额较小、未造成严重后果等）。

5. 法律救济途径
   若对纪委的认定或处理决定不服，可依法申请复议或提起诉讼。但需注意：

   • 违法所得追缴属于刑事司法程序中的财产处置，通常需通过刑事申诉或审判监督程序解决；
     
   • 若纪委已将案件移送检察机关审查起诉，可在刑事诉讼中提出异议，由法院最终裁定违法所得数额。

总结：面对实际利润不足的问题，行贿人应首先核实违法所得的计算依据，主张扣除合理成本，并积极与纪委沟通协商缴纳方式。若存在法定从宽情节，可申请减免或分期缴纳。必要时，可通过法律程序维护自身权益。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。