通过行贿取得的工程项目利润，并非均以违法所得全部追缴，而是需根据具体情况进行判断和处理。以下从不同角度进行分析：
一、违法所得的认定与追缴原则
在刑事案件中，违法所得是指犯罪分子因实施犯罪活动而获得的财物及其孳息。对于通过行贿取得的工程项目利润，如果这部分利润被认定为与行贿行为直接相关，且是行贿行为的直接或间接结果，那么这部分利润通常会被视为违法所得，依法予以追缴。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。
二、具体情形下的处理方式
利润与行贿行为直接相关：
- 如果工程项目利润的取得完全依赖于行贿行为，即没有行贿行为就不可能获得该工程项目，那么这部分利润应被视为违法所得，全部追缴。
利润部分与行贿行为相关：
- 如果工程项目利润中，只有部分与行贿行为相关，例如行贿行为只是帮助获得了工程项目，但项目的实际运营和利润取得还依赖于其他合法因素（如技术、管理、市场等），那么应区分违法所得与合法所得，仅追缴与行贿行为直接相关的部分利润。
利润与行贿行为无直接关联：
- 如果工程项目利润的取得与行贿行为无直接关联，例如行贿行为并未对工程项目的获得或利润产生实质性影响，或者利润主要来源于合法经营和市场竞争，那么这部分利润可能不被视为违法所得，不予追缴。
三、司法实践中的考量因素
在司法实践中，法院在判断是否追缴通过行贿取得的工程项目利润时，会综合考虑多种因素，包括但不限于：
- 行贿行为的性质、情节和后果：行贿行为的严重程度、对工程项目获得的影响程度以及是否造成了其他严重后果。
- 利润与行贿行为的关联性：利润是否直接来源于行贿行为，或者行贿行为是否对利润的取得起到了关键作用。
- 被告人的认罪态度和退赃情况：被告人是否认罪悔罪，是否主动退缴违法所得等。
四、法律建议
对于涉及通过行贿取得的工程项目利润的问题，建议当事人：
- 积极配合司法机关的调查和审判工作，如实陈述事实，提供相关证据。
- 主动退缴违法所得，以减轻法律责任和可能的刑事处罚。
- 咨询专业律师（即向我咨询），了解具体案件的法律适用和辩护策略，以维护自身合法权益。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我提问，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答和建议。