通过行贿获得工程项目所得的违法所得，其认定主要遵循以下原则和流程：

认定原则

1. 直接认定：如果通过行贿手段直接获得了工程项目，并且由此产生的财物及孳息可以明确界定，那么这些财物及孳息将被直接认定为违法所得。例如，行贿人通过行贿违规获得的工程项目款项、利润等，都可以直接认定为违法所得。

2. 价格认定或委托鉴定：对于通过行贿手段间接获得的财物或难以确定数额的违法所得，监察机关或司法机关可能会委托专业机构进行价格认定或鉴定。经认定或鉴定后，行贿人实际取得的财物扣除合理成本（但不包括合理利润）后的剩余部分，即为违法所得。

3. 例外情形：在特定情况下，如果行贿人自愿主动上交违法所得，并且上交财物的价值未明显低于行贿违法所得，经监察机关或司法机关审批后，可以按照主动上交的财物认定行贿违法所得。

认定流程

1. 调查取证：监察机关或司法机关会对行贿案件进行调查取证，收集相关证据材料，包括行贿人的供述、受贿人的证言、相关书证、物证等。

2. 初步认定：在调查取证的基础上，监察机关或司法机关会对违法所得进行初步认定，确定哪些财物及孳息属于行贿违法所得。

3. 采取保全措施：为了防止行贿人转移或隐匿违法所得，监察机关或司法机关可能会依法采取查封、扣押、冻结等保全措施。

4. 最终认定与追缴：经过进一步调查和审理，监察机关或司法机关会对违法所得进行最终认定，并根据情况依法进行追缴、没收或责令退赔。

法律依据

行贿违法所得的认定和追缴，主要依据的是相关法律法规和司法解释，如《中华人民共和国刑法》、《中华人民共和国监察法》以及相关的行贿违法所得处置办法等。这些法律法规为行贿违法所得的认定和追缴提供了明确的法律依据和程序规范。

综上所述，通过行贿获得工程项目所得的违法所得，其认定需要遵循一定的原则和流程，并且需要依据相关的法律法规进行。如果面临此类问题，建议尽快咨询专业律师，以便更好地了解自己的法律风险和应对策略。