发包人向挂靠人超付工程款后，核心处理方式是依法追回超付部分，具体可通过协商、诉讼或仲裁等途径解决，同时需注意证据收集和程序合规性。以下是详细分析：

1. 协商解决
   发包人可首先与挂靠人协商，要求返还超付的工程款。协商时应明确超付金额的计算依据（如合同约定、实际工程量、付款凭证等），并保留书面协商记录（如邮件、微信、录音等）。若挂靠人同意返还，可签订书面还款协议，明确还款金额、期限及违约责任，以降低后续风险。

2. 诉讼或仲裁追偿
   若协商无果，发包人可依据《民法典》中关于“不当得利”的规定（第122条），向法院提起诉讼或根据合同约定申请仲裁，要求挂靠人返还超付部分。诉讼或仲裁中需重点证明：

   • 超付事实：提供合同、付款记录、工程量清单、结算文件等证据，证明实际支付金额超过应付款项；
     
   • 挂靠关系：若挂靠行为违反《建筑法》等强制性规定（如挂靠人无资质），可能影响合同效力，但超付事实仍可独立主张；
     
   • 损失计算：明确超付金额及利息（如有约定或法定孳息）。
     

3. 追究实际施工人责任（如适用）
   若挂靠人将工程转包或分包给实际施工人，且发包人已向挂靠人超付，实际施工人可能仍主张工程款。此时发包人可主张“已超付”抗辩，或依据《建设工程司法解释》第43条，在欠付工程款范围内对实际施工人承担责任（但需以发包人欠付为前提）。若发包人已超付，则实际施工人无权再向发包人主张，发包人可要求挂靠人协调解决或直接追偿。

4. 内部责任划分（针对被挂靠企业）
   若挂靠行为以被挂靠企业名义进行，发包人可能需先向被挂靠企业主张权利（如合同相对方为被挂靠企业）。但若发包人明知挂靠关系仍直接向挂靠人付款，可能被认定为“突破合同相对性”，此时被挂靠企业可能不承担返还责任，发包人需直接向挂靠人追偿。建议发包人付款时严格审核收款方资质，避免此类风险。

风险提示与建议：

• 挂靠行为本身可能因违反《建筑法》第26条导致合同无效，但超付事实仍可独立主张；
  
• 诉讼时效为3年，自知道或应当知道超付之日起计算，需及时行动；
  
• 付款时建议通过银行转账并备注用途，避免现金支付导致举证困难；
  
• 若涉及刑事犯罪（如挂靠人伪造材料骗取款项），可同步向公安机关报案。
  

如有进一步细节（如合同条款、付款方式、挂靠协议内容等），可向我补充说明，以便更精准分析。