结论：你可以报警，但报警后公安机关的处理方式及最终效果需视具体情况而定。以下从多个角度为你详细分析：
一、老板用你身份证办营业执照的行为性质
违法性：
- 根据《中华人民共和国居民身份证法》第十七条，冒用他人居民身份证或者使用骗领的居民身份证的，由公安机关处二百元以上一千元以下罚款，或者处十日以下拘留，有违法所得的，没收违法所得。老板用你的身份证办营业执照，属于冒用他人身份证的行为，明确违反了该法律规定。
对公司债务的责任：
- 根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。若老板用你的身份证注册的公司存在违法行为，如抽逃注册资金、诈骗或偷漏税等，不仅公司会受到行政处罚，还有可能涉及刑事犯罪。而你作为被冒用身份证的“法定代表人”或“股东”，尽管可能并不知情，但仍可能被牵涉其中，承担不必要的法律责任。
二、店里东西被清空的情况分析
可能涉及的法律问题：
- 店里东西被清空，可能涉及盗窃、侵占或故意毁坏财物等法律问题。若该行为是由老板或其他第三方所为，且你并非共犯或知情者，那么你本身是受害者。
报警的适用性：
- 你可以向公安机关报警，说明店里东西被清空的情况，并提供相关证据（如监控录像、证人证言等）。公安机关会进行调查，并根据调查结果依法处理。若调查证实存在犯罪行为，如盗窃或故意毁坏财物，公安机关会立案侦查，并追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
三、报警后的可能处理方式及建议
公安机关的调查与处理：
- 公安机关在接到报警后，会进行调查核实。若调查证实老板存在冒用身份证或店里东西被清空等违法行为，公安机关会依法对老板进行处罚，并可能追回被清空的财物。
你的权益保护：
- 要求老板停止侵权：你可以要求老板立即停止冒用你的身份证，并消除因此给你带来的不良影响（如信用记录受损等）。
- 变更公司登记信息：若老板用你的身份证注册了公司，你可以要求老板配合你到工商行政管理部门变更公司的法定代表人、股东等登记信息，以恢复你的名誉和避免潜在的法律风险。
- 寻求法律救济：若老板拒绝配合或给你造成了实际损失（如信用记录受损、被追究法律责任等），你可以向人民法院提起诉讼，要求老板承担相应的民事责任（如赔偿损失、恢复名誉等）。
建议采取的行动：
- 收集证据：在报警前，尽量收集与老板冒用身份证和店里东西被清空相关的证据，如身份证复印件、公司注册信息、监控录像、证人证言等。
- 咨询专业律师：在报警和采取法律行动前，建议咨询专业律师，了解你的具体权益和可行的法律途径，以便更好地保护自己的合法权益。
最后，老板用你的身份证办营业执照并导致店里东西被清空，是一个涉及多个法律问题的复杂情况。你可以报警，但报警后的处理方式及效果需视具体情况而定。建议你积极收集证据，咨询专业律师，并采取合适的法律行动来保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。