预支工资的发放主体取决于工厂与劳务公司之间的具体合作模式及约定，可能由工厂直接发放，也可能由劳务公司代发。以下是具体分析：

1. 工厂直接发放预支工资
   若工厂与员工直接建立劳动关系（即使通过劳务公司派遣，但工资支付义务仍归属工厂），则预支工资通常由工厂财务部门直接支付给员工。这种情况下，劳务公司仅负责代理招聘、社保缴纳等事务性工作，不涉及工资发放。

2. 劳务公司代发预支工资
   若工厂与劳务公司签订的劳务派遣协议中明确约定，由劳务公司负责员工工资的核算与发放（包括预支工资），则预支工资会通过劳务公司账户支付。此时，劳务公司需确保预支金额不超过员工当月应得工资总额，并在后续工资结算中扣除已预支部分。

建议行动：

• 核查劳动合同或劳务派遣协议中关于工资支付的条款，明确发放主体；
  
• 若预支工资由劳务公司发放但未扣除，需在后续工资结算时要求工厂或劳务公司提供明细，避免重复扣款；
  
• 若发生纠纷（如预支后未补足工资），可依据《劳动合同法》第60条（劳务派遣单位不得克扣用工单位支付给劳动者的工资）主张权益。
  

如有具体合同条款或操作细节需要分析，可进一步向我说明。