结论前置：在劳动关系不合法的情况下，用人单位解除合同仍需遵循法定程序，以确保解除行为的合法性和合理性，避免法律纠纷和经济赔偿风险。具体程序根据解除情形的不同而有所差异，以下从多个角度详细阐述。
一、明确解除合同的事由
尽管劳动关系可能存在不合法之处，但用人单位在解除合同时，仍需明确解除的事由，并确保该事由符合《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定。常见的事由包括：
- 协商一致：用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。
- 法定情形：如劳动者严重违反规章制度、严重失职、营私舞弊给用人单位造成重大损害等。
- 无过失性辞退：如劳动者患病或非因工负伤，医疗期满后不能从事原工作也不能从事另行安排的工作；劳动者不能胜任工作，经过培训或调整工作岗位仍不能胜任等。
- 经济性裁员：因经营困难等需要裁减人员二十人以上或占企业职工总数百分之十以上。
二、履行法定程序
通知工会：
- 若用人单位建立了工会，应事先将解除劳动合同的理由通知工会，听取工会的意见或建议。
- 工会认为用人单位违反法律、法规和有关合同，要求重新研究处理时，用人单位应当研究工会的意见，并将处理结果书面通知工会。
通知劳动者：
- 用人单位应当以书面形式通知劳动者本人解除劳动合同的决定。
- 通知书应载明解除事由、依据及经济补偿方案等内容。若劳动关系不合法，用人单位在通知中应明确指出不合法之处及解除合同的法律依据。
办理离职手续：
- 结清工资、奖金、津贴等劳动报酬。
- 办理社会保险关系转移手续。
- 归还公司财物、证件等资料。
- 出具离职证明文件，离职证明中应注明劳动关系不合法的情况（如存在欺诈、胁迫等情形）及解除合同的原因。
三、支付经济补偿（如适用）
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条，符合法定情形的解除合同需支付经济补偿。
- 经济补偿按劳动者在本单位工作年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的按一年计算；不满六个月的支付半个月工资。
- 月工资高于当地职工月平均工资三倍的，按三倍数额支付，最高不超过十二年。
- 特殊情况：若劳动关系不合法是由于用人单位的过错导致的（如未签订书面劳动合同、未依法缴纳社会保险等），用人单位在解除合同时可能面临更严格的法律责任，包括支付双倍工资、补缴社会保险等。
四、保存证据材料
- 完整保留解除合同相关的书面文件、会议纪要、沟通记录等证据。
- 确保程序合法性可追溯，避免后续劳动争议风险。特别是针对劳动关系不合法的情况，用人单位应保留相关证据以证明其解除合同的合法性和合理性。
五、针对劳动关系不合法的特殊处理
- 调查与取证：在解除合同前，用人单位应对劳动关系不合法的情况进行调查取证，确保有充分证据支持其解除合同的决定。
- 法律咨询：由于劳动关系不合法的情况可能涉及复杂的法律问题，用人单位在解除合同前应咨询专业律师，确保解除行为的合法性和合规性。
- 协商与调解：在可能的情况下，用人单位可以与劳动者进行协商或调解，以达成双方都能接受的解决方案，避免法律纠纷。
示例说明：假设某用人单位与劳动者未签订书面劳动合同，且未依法缴纳社会保险。后因劳动者严重违反规章制度，用人单位决定解除合同。在此情况下，用人单位应：
- 事先通知工会并听取意见。
- 以书面形式通知劳动者解除合同的决定，并载明解除事由（严重违反规章制度）及依据（公司规章制度及《中华人民共和国劳动合同法》相关规定）。
- 办理离职手续并结清劳动报酬。
- 出具离职证明文件，注明未签订书面劳动合同及未依法缴纳社会保险的情况（但此部分不作为解除合同的事由）。
- 支付经济补偿（如适用）。
- 保留相关证据材料以备后续争议解决之需。
进一步思考：劳动关系不合法的情况可能涉及多种法律问题，用人单位在解除合同时应谨慎处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。