员工有两个工作地点，在符合法律规定且双方协商一致的前提下，是合法的。以下从多个角度为你详细分析：
合法性分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十七条，工作地点是劳动合同的必备条款之一，但法律并未明确禁止在合同中约定两个或多个工作地点。因此，从法律条文的角度来看，约定两个工作地点并不直接构成违法。
协商一致原则：
- 合法性的关键在于用人单位与劳动者是否就两个工作地点进行了充分沟通和协商，并且劳动者明确知晓并同意在这两个地点工作。如果劳动者在签订合同时被告知并接受了这一安排，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定是合法有效的。
合理性原则：
- 约定的工作地点应具有合理性。如果两个工作地点相距极远，给劳动者的工作和生活带来极大不便，且用人单位没有提供合理的补偿或解决方案（如交通补贴、住宿安排等），那么这种约定可能被认为不合理，甚至显失公平。在这种情况下，劳动者有权向用人单位提出质疑，并要求变更工作地点的相关条款。
劳动者权益保护与实际操作建议
明确和细化约定：
- 用人单位在签订劳动合同时，应尽量明确和细化工作地点的约定，包括具体的地点、变动条件、补偿措施等。这有助于减少后续因工作地点变动而产生的纠纷。
充分沟通和协商：
- 如果确实需要约定多个工作地点，用人单位应与劳动者进行充分的沟通和协商，确保劳动者对可能的工作地点变动有充分的了解和预期。这有助于增强劳动者对工作安排的接受度和满意度。
提供必要支持：
- 用人单位应当为劳动者提供必要的支持和保障，以减轻工作地点变动对其生活和工作的影响。例如，提供交通补贴、住宿安排或调整工作时间等。这有助于维护劳动者的合法权益，促进劳动关系的和谐稳定。
争议解决途径：
- 如果劳动者认为劳动合同中关于工作地点的约定不合理或侵犯了自己的权益，可以与用人单位进行协商。若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
可能的法律后果
- 如果用人单位未经劳动者同意，擅自变更工作地点，或者约定的工作地点不合理且未提供必要支持，劳动者有权拒绝到新地点工作，并可能因此解除劳动合同并要求用人单位支付经济补偿。
- 如果因工作地点变动引发纠纷，用人单位可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁机构的裁决，要求其承担相应的法律责任。
综上所述，员工有两个工作地点在符合法律规定且双方协商一致的前提下是合法的。但用人单位应确保约定的合理性，并与劳动者进行充分的沟通和协商，同时提供必要的支持和保障。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。