这种情况是否合法需分情况讨论，关键在于劳动关系主体与社保缴纳主体的统一性。具体分析如下：
若劳动者与用工单位存在劳动关系，但社保由劳务公司代缴，可能存在合规风险
根据《社会保险法》第五十八条，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。若劳动者实际与用工单位签订劳动合同、接受用工单位管理并从事其安排的工作，则用工单位为法定社保缴纳主体。此时若由劳务公司代缴，可能涉及以下问题：
- 主体不适格：劳务公司并非劳动关系中的用人单位，无权以自身名义为其他单位的员工缴纳社保；
- 地域限制：社保缴纳需以用人单位注册地或实际经营地为准，跨地区代缴可能违反属地管理原则；
- 权益风险：若代缴公司未如实缴纳（如降低缴费基数），劳动者可能面临社保待遇损失，且用工单位需承担连带责任。
若劳动者与劳务公司存在劳动关系，并被派遣至用工单位工作，则社保由劳务公司缴纳合法
根据《劳务派遣暂行规定》第八条，劳务派遣单位应当按照国家规定和劳务派遣协议约定，为被派遣劳动者缴纳社会保险费。此时：
- 主体合法：劳务公司作为用人单位，依法承担社保缴纳义务；
- 协议约束：用工单位与劳务公司可通过协议明确双方权利义务，但不得免除劳务公司作为用人单位的法定责任；
- 地域合规：劳务公司需在其注册地或实际经营地为劳动者缴纳社保，若用工单位所在地社保待遇更高，可通过协议约定由用工单位承担差额补偿。
实务建议：
- 对劳动者：核实劳动合同签订主体与社保缴纳主体是否一致，若不一致可要求用工单位出具书面说明；
- 对用工单位：避免直接委托第三方代缴社保，可通过劳务派遣或调整用工模式规避风险；
- 对劳务公司：需确保代缴行为符合属地政策，并留存用工单位出具的委托代缴证明。
如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。