结论：总公司不配合注销分公司，从法律层面讲，并不直接构成违法，但分公司负责人若因此未履行注销义务，可能会面临一系列法律风险和责任。以下从多个角度进行详细分析：
一、总公司不配合注销的法律性质
总公司作为分公司的上级机构，对分公司的运营和管理负有监督责任，但并不意味着总公司有义务必须配合分公司进行注销。分公司注销的决策和执行，通常应由分公司负责人根据分公司的实际情况和总公司的指示来推进。若总公司出于各种原因（如内部决策分歧、财务纠纷等）不配合注销，这更多体现的是公司内部管理问题，而非直接的违法行为。
二、分公司负责人未注销的法律责任
尽管总公司不配合注销不直接违法，但分公司负责人若因此未履行注销义务，则可能面临以下法律责任：
行政责任：
- 根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》等相关法规，企业解散或终止经营后应及时办理注销登记。若分公司未按规定注销，工商行政管理部门可对分公司及其负责人进行行政处罚，如罚款。此外，未履行年报、税务申报等义务也可能导致罚款、吊销营业执照等处罚。
民事责任：
- 分公司虽不具有法人资格，但其债务通常由总公司承担。然而，若分公司未依法注销，且负责人在经营管理中存在过错或违法行为导致债务或损失，债权人可能依据相关法律规定要求负责人承担连带赔偿责任。例如，未经授权擅自签订高额合同给分公司带来债务时，负责人可能需要承担部分或全部债务的清偿责任。
信用记录受损：
- 分公司未注销且存在经营异常或违法违规行为时，将严重影响负责人的个人信用记录。这可能导致其被列入失信名单，进而影响贷款、信用卡申请等金融活动，甚至影响出国手续和个人征信报告。
职业发展受限：
- 分公司未注销的不良记录可能在商业领域传播，损害负责人的声誉和形象，进而对其职业发展产生负面影响。潜在的雇主、合作伙伴在进行背景调查时若发现此情况，可能会质疑负责人的能力和诚信，影响其获得新的工作机会或商业合作。
三、应对建议
与总公司沟通：
- 分公司负责人应首先与总公司进行充分沟通，了解总公司不配合注销的具体原因，并尝试协商解决方案。若总公司存在内部决策分歧或财务纠纷等，可寻求通过内部调解或法律途径解决。
履行注销义务：
- 在总公司不配合的情况下，分公司负责人仍应积极履行注销义务。可准备相关注销材料，如分公司营业执照、税务登记证、公章等，并按照工商行政管理部门的要求提交注销申请。若总公司拒绝提供必要材料或协助，分公司负责人可向工商行政管理部门说明情况，并寻求其指导和帮助。
寻求法律援助：
- 若分公司负责人在注销过程中遇到法律难题或总公司的不合理阻挠，可寻求专业律师的法律援助。律师可提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助分公司负责人维护自身合法权益。
关注后续影响：
- 分公司负责人在注销后应关注个人信用记录、职业发展等方面的影响。若因注销问题导致个人信用受损或职业发展受限，可及时采取措施进行修复和补救。
作为分公司的负责人，在面对总公司不配合注销的情况时，应积极履行自己的职责和义务，确保分公司的合法注销。若遇到法律难题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。