违法建筑门店招牌的处理方式需根据具体情况判断，通常包括以下两种情形：

1. 招牌附着于违法建筑本身
   若门店招牌直接安装在经认定属于违法建筑的主体结构上（如未取得规划许可的房屋、临时建筑超期未拆等），根据《城乡规划法》第六十四条，行政机关有权责令限期拆除违法建筑，并可对招牌一并要求拆除。此时招牌的处置需以违法建筑的处理结果为前提：

   • 若违法建筑被强制拆除，招牌作为附属物通常需同步拆除；
     
   • 若违法建筑被没收或罚款后保留，招牌可能需重新申请审批手续（如户外广告设置许可）。

2. 招牌独立于合法建筑但存在违法情形
   若门店招牌虽安装在合法建筑上，但存在以下情形之一，仍可能被认定为违法并需处理：

   • 未取得行政许可：根据《城市市容和环境卫生管理条例》第十一条，大型户外广告设置需经城市人民政府市容环境卫生行政主管部门批准。未审批擅自设置的招牌可能被责令限期改正或拆除；
     
   • 超出规划范围：如招牌尺寸、位置、材质等不符合规划要求（如遮挡窗户、影响消防通道）；
     
   • 存在安全隐患：根据《安全生产法》第四十二条，招牌若存在结构松动、电气故障等可能危及公共安全的情况，需立即整改或拆除。

处理流程与注意事项：

• 行政程序：通常由城管执法部门或规划部门发出《责令限期改正通知书》，要求自行拆除或补办手续；逾期未整改的，可能被强制拆除并处以罚款（罚款标准因地区而异，如《上海市户外广告设施管理办法》规定最高可罚3万元）；
  
• 救济途径：若对处理决定有异议，可在收到通知书后60日内申请行政复议，或6个月内直接提起行政诉讼；
  
• 合规建议：设置招牌前应确认建筑合法性，并提前向当地城管部门咨询审批要求（如尺寸、材质、照明等），避免后续纠纷。

提示：若您的招牌涉及上述情形，建议立即核查相关审批文件，并咨询我进一步分析具体风险。