厂房出租约定不含税是否合法，需分情况讨论：

1. 从合同自由原则的角度：

   • 合同双方在平等、自愿的基础上，有权就合同的内容进行协商并达成一致。因此，如果出租方和承租方在厂房租赁合同中明确约定租金不含税，且这一约定是双方真实意思的表示，没有违反法律、行政法规的强制性规定，也没有损害国家、集体或第三人的利益，那么从合同自由原则的角度来看，这样的约定是合法的。

2. 从税收法律的角度：

   • 然而，税收是国家为了满足社会公共需要，凭借公共权力，按照法律所规定的标准和程序，参与国民收入分配，强制地、无偿地取得财政收入的一种方式。根据税收法律的规定，出租厂房属于应税行为，出租方作为纳税人，有义务按照法律规定缴纳相应的税款。
   • 如果合同中约定租金不含税，实际上是将本应由出租方承担的税款转嫁给了承租方，或者双方试图通过合同约定来规避税收法律的规定，这样的约定可能因违反税收法律的强制性规定而被认定为无效。特别是当这种约定导致国家税收流失时，税务机关有权对出租方进行税务稽查，并要求其补缴税款及滞纳金，甚至可能面临罚款等行政处罚。

3. 从实际操作的建议角度：

   • 为了避免潜在的税务风险和法律纠纷，建议出租方和承租方在签订厂房租赁合同时，明确约定租金的构成以及税费的承担方式。如果双方希望租金中不包含税费，可以明确约定税费由哪一方承担，并在合同中注明该税费的具体金额或计算方式。这样既可以保障双方的合法权益，又可以避免因税费问题而产生的争议。
   • 同时，出租方作为纳税人，应当依法履行纳税义务，按时足额缴纳税款。如果出租方试图通过合同约定来规避税收法律的规定，不仅可能面临税务机关的处罚，还可能影响其商业信誉和长期发展。

总结与建议：

• 厂房出租约定不含税本身并不直接违法，但关键在于这种约定是否违反了税收法律的强制性规定以及是否损害了国家、集体或第三人的利益。
• 为了避免潜在的税务风险和法律纠纷，建议双方在签订合同时明确约定租金的构成及税费的承担方式，并依法履行纳税义务。
• 如果您在厂房租赁过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。