村集体款项交由政府保管是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 合法情形：

   • 法定代管：若村集体因特定原因（如村集体组织解散、村干部涉嫌违法等），根据相关法律法规或政府决定，由政府指定部门或机构代为保管村集体款项，且符合法定程序，这种代管行为是合法的。例如，在村集体组织解散时，为保障集体资产的安全和合理处置，政府可能会介入代管。
   • 自愿委托：村集体基于自身需要，自愿将款项委托给政府保管，并签订了书面委托协议，明确了双方的权利和义务。在这种情况下，只要委托协议内容合法、双方意思表示真实，且不违反法律法规的强制性规定，这种委托保管行为也是合法的。

2. 不合法情形：

   • 无权代管：若政府未经法定程序或未经村集体同意，擅自将村集体款项纳入政府账户或指定部门保管，这种行为可能构成对村集体财产权的侵犯，是不合法的。
   • 挪用或滥用：即使政府代管村集体款项是合法的，但如果政府或其工作人员在代管过程中挪用、滥用或侵占村集体款项，这种行为也是违法的，并应承担相应的法律责任。

法律建议：

• 核实代管合法性：若村集体款项被政府代管，村集体应首先核实代管的合法性，包括是否符合法定程序、是否有书面委托协议等。
• 监督资金使用：村集体应积极监督政府代管款项的使用情况，确保资金用于村集体的合法利益，防止被挪用或滥用。
• 寻求法律援助：若村集体发现政府代管行为存在违法或不当之处，应及时寻求法律援助，通过法律途径维护自身权益。

可能法律后果：

• 若政府代管行为合法且合规，村集体应配合政府的管理工作，确保资金的安全和合理使用。
• 若政府代管行为违法或不当，村集体有权要求政府返还被代管的款项，并可能要求政府承担相应的赔偿责任。同时，政府或其工作人员还可能面临行政处分或刑事责任等法律后果。

如有具体疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。