先施工后签合同的行为，在法律上通常是被视为违法的。针对您提出的“甲方后签合同，之前乙方的工程是否违法以及该怎么办”的问题，我将从以下几个方面进行详细分析：
一、法律背景与规定
根据《建筑法》及相关法律法规，建筑工程施工前应当签订书面施工合同，明确双方的权利和义务。这是为了保障工程顺利进行，防止因权责不明而产生的纠纷。如果未签订合同就进行施工，很容易导致后续的权责纠纷，甚至可能引发法律诉讼。
二、乙方工程的合法性分析
如果乙方在未签订合同的情况下已经进行了施工：
- 这种行为在法律上可能被视为违法，因为它违反了建筑工程施工前应当签订书面合同的规定。
- 乙方可能面临因未签订合同而导致的权益受损风险，如工程款支付、工程质量保证等方面的纠纷。
如果甲方后续补签了合同：
- 补签合同本身并不能完全消除之前未签订合同的违法性，但可以在一定程度上弥补之前的法律漏洞。
- 补签的合同应当明确双方之前的权利和义务，包括已经完成的工程部分、工程款支付情况等。
- 如果补签的合同能够全面、准确地反映双方之前的实际情况，并且得到双方的认可，那么可以在一定程度上减少后续的纠纷风险。
三、应对措施与建议
对于乙方：
- 如果尚未签订合同但已经进行了施工，应尽快与甲方协商补签合同，明确双方的权利和义务。
- 在补签合同时，应确保合同内容全面、准确，包括工程范围、工程款支付方式、工期、质量标准等关键条款。
- 如果甲方拒绝补签合同或合同内容存在争议，乙方可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
对于甲方：
- 如果尚未与乙方签订合同但工程已经开工，应尽快与乙方协商补签合同，以避免后续的法律风险。
- 在补签合同时，应认真审查合同内容，确保合同条款符合自己的利益和需求。
- 如果乙方已经完成的工程部分存在质量问题或不符合合同要求，甲方应在合同中明确相应的违约责任和赔偿条款。
四、可能的法律后果
- 如果未签订合同就进行施工，并且后续无法补签或补签的合同存在争议，双方可能面临法律诉讼的风险。
- 在法律诉讼中，法院或仲裁机构将根据双方提供的证据和法律规定来判决或裁决双方的权益和义务。
- 如果乙方因未签订合同而遭受损失，如工程款未支付、工程质量问题导致的修复费用等，乙方有权要求甲方进行赔偿。
建议您：在未来的建筑工程中，务必遵守相关法律法规，在施工前签订书面合同，明确双方的权利和义务。如果已经发生了未签订合同就进行施工的情况，应尽快与对方协商补签合同，以减少后续的法律风险。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。