结论：在公诉机关指控被告人数罪，而法院经审理认为其中部分罪名不构成犯罪的情况下，法院应当在判决中明确指出哪些罪名不构成犯罪，并仅对构成犯罪的罪名进行定罪量刑。

详细分析：

1. 法院的审判职责：

   • 法院作为审判机关，其核心职责是根据事实和法律，对公诉机关指控的犯罪事实进行审查，并作出公正的判决。
   • 当公诉机关指控被告人数罪时，法院需要逐一审查每个罪名的构成要件，包括犯罪主体、犯罪主观方面、犯罪客观方面以及犯罪客体等，以确定被告人是否构成犯罪。

2. 部分罪名不构成犯罪的处理：

   • 如果法院经审理认为公诉机关指控的某些罪名不构成犯罪，那么这些罪名就不应被纳入判决范围。
   • 法院应当在判决中明确指出哪些罪名不构成犯罪，并说明理由，这是法院审判公开、公正原则的体现。

3. 判决的构成：

   • 判决应当包括对被告人构成犯罪的罪名的认定，以及相应的量刑。
   • 对于不构成犯罪的罪名，法院不应进行定罪量刑，而应在判决中予以排除。

4. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，法院应当根据查明的事实和证据，依照法律对被告人作出有罪或者无罪的判决。
   • 如果法院认为公诉机关指控的罪名不成立，那么它有权在判决中作出相应的认定，并仅对构成犯罪的罪名进行定罪量刑。

5. 实践中的操作：

   • 在实际操作中，法院会仔细审查公诉机关提交的证据材料，听取被告人的辩解和辩护人的辩护意见，必要时还会进行调查取证。
   • 经过全面审查后，法院会形成对每个罪名的独立判断，并在判决中明确体现出来。

建议与后果：

• 对被告人的建议：如果被告人认为法院的判决不公正或存在错误，可以在法定期限内提出上诉或申诉，以维护自己的合法权益。
• 对公诉机关的建议：公诉机关在提起公诉时，应确保指控的罪名有充分的事实和法律依据，以避免不必要的诉讼风险和资源浪费。
• 法律后果：如果法院错误地将不构成犯罪的罪名纳入判决范围，可能会损害被告人的合法权益，引发上诉或申诉，甚至可能导致法院的判决被撤销或改判。因此，法院在审判过程中应严格遵循法律原则和程序，确保判决的公正性和准确性。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律服务。